使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树
2020-01-09 本文已影响0人
wangsb_2020
虽然简单，但绝对首发……
该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！
#mafft比对
linsi allnew.fasta > allnew.fasta.mafft
#Gblocks修整
Gblocks allnew.fasta.mafft -t=d -e=.gb
#修改序列名
sed -i '/^>/s/ /_/g' allnew.fasta.mafft.gb
#模型检验
wget https://github.com/ddarriba/modeltest/files/3790700/modeltest-ng-0.1.6-static-linux64.tar.gz
unzip modeltest-ng-0.1.6-static-linux64.tar.gz
modeltest-ng-static -i allnew.fasta.mafft.gb -d nt
#构建ML树
wget https://github.com/amkozlov/raxml-ng/releases/download/0.9.0/raxml-ng_v0.9.0_linux_x86_64.zip
unzip raxml-ng_v0.9.0_linux_x86_64.zip
mv data/ INSTALL.txt LICENSE.txt raxml-ng raxml-ng_v0.9.0
/home/zhangjj/software/raxml-ng_v0.9.0/raxml-ng --all --msa allnew.fasta.mafft.gb --model TVM+G4 --force
#allnew.fasta.mafft.gb.raxml.support即为最终结果
modeltest-ng 的速度是真的飞快！
modeltest-ng 和 raxml-ng简直是绝配！
Reference
Diego D , David P , Kozlov A M , et al. ModelTest-NG: A New and Scalable Tool for the Selection of DNA and Protein Evolutionary Models[J]. Molecular Biology and Evolution.
RAxML-NG: a fast, scalable and user-friendly tool for maximum likelihood phylogenetic inference
