qiime1进行可视化绘图

1.进行群落组成分析

mkdir taxa_sum_plot

summarize_taxa_through_plots.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o taxa_sum_plot/taxa_summary -m mapping.txt

可到对应目录下找到相应的 txt 数据文件和 html 展示文件

图1

还可以选用mappinging文件中的任意一列进行统计

summarize_taxa_through_plots.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o taxa_sum_plot/taxa_summary_group -m mapping.txt -c Group -s

得到如下效果

图2

2.绘制 OTU 热图

make_otu_heatmap

make_otu_heatmap.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o heatmap/heatmap.pdf -m mapping.txt -t phylogeny/rep_set.tre

图3

qiime画图效果并不好，建议用 R 作图

3.绘制 OTU Network 图

makedir otu_networks

make_otu_network.py -i otu_table_handle/otu_table_mc2.biom -o otu_networks -m mapping.txt

生成的文件导入 Cytoscape