学习小组Day3笔记-sukie

linux app store之bioconda

1、简介
conda是大Boss，最初为管理python包而建立，它是一个大的涵盖许多领域的软件包管理器。
anaconda是总管，职务比conda低。miniconda是区域经理，主要负责生信领域。
从官方推荐最简单的方式入手--miniconda。
2、下载和安装miniconda
Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含了 python 和 conda，但是可以通过 pip 和 conda 来安装所需要的包。
1)查看服务器系统位数
输入命令uname -a
2)下载地址
清华大学开源软件镜像站
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
3）选择最新版本，右键复制链接地址
4）回到服务器，进入想要安装的目录。输入命令下载miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
5）安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装过程中会不停按enter和yes。

image.png
6）激活conda
source ~/.bashrc
命令行输入conda，如果出现满屏信息，说明激活成功了。
7）添加镜像
配制镜像，从镜像网站下载，加快下载速度。
使用清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

粘贴上述命令行，按回车。
3、使用conda
1）查看当前服务器上安装的所有软件列表
conda list
2）搜索conda软件, eg.
conda search fastqc
3）安装软件
conda install fastqc -y
-y是yes，安装过程中conda问的问题全部回答yes。
默认安装最新版本，若要安装指定版本，可以输入命令：
conda install fastqc=0.11.7 -y
4）卸载软件
conda remove fastqc -y
5）查看conda环境
不同的项目分析需求不同的软件和不同的版本，按照项目定制不同分析流程（分身），安装不同的软件，互补干扰。这个分身就是不同的环境。
conda info --envs
前面带*的就是默认的。
6）新建环境
例：分析转录组数据
i）建立名为rnaseq的conda环境，指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
ii）创建之后再查看环境是否多了新建的环境。
iii）激活新的conda环境。
conda activate rna-seq
iv）退出当前环境
conda deactivate