一、基本操作

1. 使用界面

可以注册后使用，点击upload即可上传树文件

2. 基本操作

右侧controls负责对进化树进行修改：

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• basic：主要负责修改树的造型、分支、标签，还有标签的字体、字号是否加粗等
• advance：主要负责展示bootstrap的特征

iTOL最好用的一个功能是能修改局部的label和leaf

当我们鼠标悬停在某个位置时，我们可到这个局部数据的信息

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鼠标点击即可修改局部node的属性，比如我改一下颜色和风格，可以看到局部的node被改为红色虚线，局部的label也可以更改

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在选好节点后，再点击color>new color range,我们可以把一部分label和branch加入背景色

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然后我再将S26添加到h1中，点击相应的node，选择color>add to existing即可，去掉的话选择remove from即可

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点击h1的cover，可以选择背景色出现在label、clade、full上，也可以关闭，我选一下full

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border负责加边框，0就是不加，在这里我加一个1px的边框展示下

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鼠标悬停在label上时，我们也可以修改局部label的属性，我在这里修改了label的名字

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导出

点击export，可以看到支持不同类型文件的导出

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当colored ranges lenged点击on时，会出现图例

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以上便是利用iTOL进行进化树美化的一些基本操作，相比起evolview，iTOL使用起来更加方便。

二、添加文本

利用iTOL，我将进化树分为三个群体，接下来就是添加文本

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与evolview一样，添加文本需要datasets，依然可以去参考help页面

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这里我放上了官网中所有参考格式模板的压缩包，需要可以下载

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每个参数都作了说明，可以根据需要修改，有一些可以在网页更改，所以建议上面不做修改，只在DATA部分修改，根据示例修改即可

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修改之后

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可以直接将该文件拖到网页上，查看效果

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此时datasets界面出现了我们上传文件的信息

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如果想要修改一些属性，你会发现这是对三个文本同时修改，想要单独修改就点击raw data>edit using the web interface

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这样就可以单独修改了

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三、添加图片

依然是寻找示例文本

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上面的不作任何修改，只修改最后的DATA

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需要注意，图片添加的是网址，而不是本地的图片，我们可以把想上传的图片写到简书上发表后在复制图片地址即可。

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直接拖到网页，看一下效果

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图片是没有办法单独设置的，如果感觉效果不太好，就在datasets调一下参数

最后导出文件即可

四、添加点图

依然去找示例文本dataset_external_shapes_template.txt

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前面部分依旧不更改，只修改DATA

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可以看到输入不同的value可能会使点的属性发生变化，为了防止出错，推荐一个表型（一列value）用一个dataset，最后挨个拖进去即可，这里只展示一组

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点击shape type可以修改形状，点击rawdata可以局部修改

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点击legend可以添加图例

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刚刚是利用iTOL加的数量性状，接下来加质量性状，还是去找示例数据

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不多说，只编辑DATA然后拖到网页

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然后更改

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看一下最终成品图

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本文综合以下四篇文章：
https://www.jianshu.com/p/82b38607ae34?ivk_sa=1024320u
https://www.jianshu.com/p/a43e3636ca71
https://www.jianshu.com/p/75e393903ff7
https://www.jianshu.com/p/43a6acf05865

https://www.jianshu.com/p/76a121236362?ivk_sa=1024320u
https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/13880629.html