苏云金芽胞杆菌毒力因子挖掘管道BtToxin_Digger
目前已发表的用于挖掘Bt毒力因子基因的软件有两个:一个是本课题组发表于2012年的网页版工具BtToxin_Scanner,该工具使用简单,主要用于挖掘Cry蛋白编码基因,也可以为Cry和Vip蛋白编码基因的挖掘提供一定的线索。如果仅有少数的基因组需要分析,该工具较为适合;另一款工具是2019年发表的CryProcessor,该工具有网页版和离线版,基于python3.7开发,仅用于挖掘Cry蛋白编码基因,目前网页已经不可访问了。笔者通过其官方文档了解,其使用略微繁琐,即若要实现批量分析,用户需要有一定的编程基础,且其输出结果没有进行很好的整合,显得基因组之间是各自为战。
笔者常年进行大批量Bt毒力因子的挖掘,由于没有一款好用的工具,常常耗费大量的时间去分析序列和结构域,为了减少自身和同行的痛苦,特别开发了一款新的管道“BtToxin_Digger”。该管道包含网页版和本地版,本地版为大批量基因组分析而设计,接受多种数据为输入(Short reads & Long reads,Assembled genomes,CDSs,Protein sequences),运行过程完全自动化,输出结果丰富,包括基因比对信息,结构域信息和各种序列等,可以直接拷贝至Excel中,还可以生成Strain vs. toxins的矩阵表等。该管道可以在多种平台使用,通过conda一键安装,用户可以根据我们提供的示例照葫芦画瓢运行自己的命令,不需要编程基础。详情请见Github:https://github.com/BMBGenomics/BtToxin_Digger。
引用:
https://dx.doi.org/10.1101/2020.05.26.114520
更多生信分析可访问 了尘兰若的小坑:https://www.liaochenlanruo.fun