mkgtf
2025-07-22 本文已影响0人
LET149
对下载的gtf进行过滤，只保留自己想要检测的feature类型，也可以全部保留
cellranger mkgtf input.gtf output.gtf \ #反斜杠“ \ ”为了使命令换行输入不执行
--attribute=gene_biotype:protein_coding \
--attribute=gene_biotype:lincRNA \
--attribute=gene_biotype:antisense
- input.gtf : 要过滤的gtf的完整路径
- output.gtf : 过滤后gtf的完整路径和名称
- --attribute= : 过滤后要保留的feature类型，本身是一个键值对，等号后面的值应该是本身gtf中的feature类型格式，如这里的gene_biotype:protein_coding
- 如果要保留原有gtf中的全部feature类型，则不用加任何--attribute
