启动子原件分析

启动子元件分析是一种用于研究基因调控机制的方法。在基因表达调控中，启动子是位于基因上游的DNA区域，它包含与转录因子结合、启动转录和调控基因表达相关的序列元件。通过分析启动子元件，我们可以深入了解基因的转录调控过程，揭示基因表达调控的细节和机制。

启动子元件分析的意义如下：

1. 预测转录起始位点：启动子元件分析可以帮助我们确定基因的转录起始位点，这是基因转录过程的关键步骤。准确确定转录起始位点有助于我们理解基因的调控机制以及转录调控因子的作用。

2. 识别转录调控元件：启动子元件分析可以帮助我们鉴定和识别位于启动子区域的转录调控元件，如转录因子结合位点（TFBS）和顺式作用元件（cis-acting elements）。这些元件与转录因子的结合和调控基因表达密切相关。

3. 揭示调控网络：通过分析启动子元件，我们可以建立基因调控网络，了解转录调控因子与启动子之间的相互作用关系。这有助于我们揭示基因调控网络的复杂性，以及基因调控网络在生物学过程中的重要作用。

4. 预测新基因调控元件：启动子元件分析还可以用于预测和发现新的基因调控元件。通过对启动子序列的比较和分析，我们可以发现新的调控序列模式，并进一步研究它们在基因表达调控中的功能和作用。

综上所述，启动子元件分析对于深入理解基因调控机制、揭示基因调控网络以及预测新的调控元件具有重要的意义。它为我们研究基因表达调控提供了有力的工具和方法。

下面我们来用个例子来实践一下
首先找到基因蛋白质序列，可以是来自其它物种的，将蛋白序列与目标基因组蛋白序列比对，这里使用blasp程序，

###首先建库
makeblastdb -in ref.pep.all.fa -dbtype prot -title ref.fa

blastp -db ref.fa -query caxpep.fa -out bl/$id.bl -num_threads 8 -evalue 1e-10

得到比对结果后，要对结果进行提取，使用下面的脚本，

use strict;
use Bio::SearchIO; 
use Bio::Search::Result::GenericResult;

my $file=$ARGV[0];
my $out=$ARGV[1];

my $in = new Bio::SearchIO(-format => 'blast', 
 
                          -file   => "$file");
open OUTFILE ,(">$out.bed"); 
#my  ;
while( my $result = $in->next_result ) {
    if ($result->num_hits<999) {
        ## $result is a Bio::Search::Result::ResultI compliant object
        while( my $hit = $result->next_hit ) {
                ## $hit is a Bio::Search::Hit::HitI compliant object
                while( my $hsp = $hit->next_hsp ) {
                    ## $hsp is a Bio::Search::HSP::HSPI compliant object
                #$insertion_number = $insertion_number + 1;
                        print OUTFILE $hit->name ;
#               print OUTFILE "\t";
#               print OUTFILE $hsp->start('hit');
#               print OUTFILE "\t";
#               print OUTFILE $hsp->end('hit');
#               print OUTFILE "\t";
#               print OUTFILE $result->query_name();
                print OUTFILE "\n";
                }  
        }
    }
}

##sed去掉后面不同的转录本，然后去重并排序
sort -k1,1 lem.bed |uniq >sort

排完序后找基因位置信息

###get_gene_weizhi.pl
use Getopt::Long;
my %opts;
use Data::Dumper;
GetOptions (\%opts,"in1=s","in2=s","out=s","h"); 
if (! defined($opts{in1}) ||! defined($opts{in2})||! defined($opts{out}) || defined($opts{h})){
    &USAGE;
}
open (IN1,"$opts{in1}") || die "open $opts{in1} failed\n";
open (IN2,"$opts{in2}") || die "open $opts{in2} failed\n";
open (OUT,">$opts{out}") || die "open $opts{out} failed\n";
my%gffs;
while (<IN1>) {
chomp;
      my@b=split,$_;
      $keys= $b[0];

      $values= $b[0];

      $gffs{$keys} = $values;
 
}

while (<IN2>) {
     chomp;
          my @a=split /\t/,$_;
         if ($a[2]eq "gene") {
             $a[8]=~ m/Name=([^;]*);/;
                $id1=$1;
        
          if ( exists  $gffs{$id1} ) {
        
         print OUT "$gffs{$id1}\t$a[0]\t$a[3]\t$a[4]\t$a[6]\n";
          }
         }
         
         }
close OUT;
close IN1;
close IN2;

sub USAGE {
       print "usage: perl test1.pl -in1  gene_id.txt -in2  genome.gff3  -out gene_location.txt ";
    exit;
}

perl /public/home/fengting/scripts/gene_family/get_gene_weizhi.pl -in1 sort_id/$id -in2 gff3/$id.gff3 -out seq_weizhi/$id

基因染色体及位置

有了位置信息就可以进行序列提取

###tiquxulie.pl
die "perl $0 <genome.fa> <weizhi.txt> <OUT> " unless(@ARGV==3 );
use Math::BigFloat;
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
$in = Bio::SeqIO -> new(-file => "$ARGV[0]",
                                  -format => 'Fasta');
$out = Bio::SeqIO -> new(-file => ">$ARGV[2]",
                                  -format => 'Fasta');
my %keep=() ;
open IN,"$ARGV[0]" or die "$!";
my%ref=();
while ( my $seq = $in->next_seq() ) {
     my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);
     
         $ref{$id}=$seq;

}

$in->close();

open IN,"$ARGV[1]" or die "$!";
while (<IN>) {
        chomp;
        next if /^#/;
        my @a= split /\t/;
        my$seq=$ref{$a[1]};
        print "$a[1]";
     if( $a[4]  eq "-" ){
              $str=  $a[3]+1;
              $end=$a[3]+2000;

              my$seq_string=$seq->subseq($str,$end);
              my$newseqobj1=Bio::Seq -> new(-seq => $seq_string,
                -id => "$a[0]"
               ) ;
               my$reseq = $newseqobj1 ->revcom();
               $out->write_seq($reseq);         
     }elsif ( $a[4]  eq "+" ){
              $str=  $a[2]-2000;
              $end=$a[2]-1;

               my$seq_string=$seq->subseq($str,$end);
           
               my$newseqobj1=Bio::Seq -> new(-seq => $seq_string,
               -id => "$a[0]"
                   
               ) ;
              
               $out->write_seq($newseqobj1);          
     }

}
close (IN);
$in->close();
$out->close();

perl /public/home/fengting/scripts/gene_family/tiquxulie.pl  fq2/$id.fixed.fa  seq_weizhi/$id  seq_tiqu/$id

有了启动子序列，就可以到plantcare网站进行启动子预测分析了。