本地Blast配置

https://qinqianshan.com/ngs/mapping/localized-blast/

http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/

https://www.cnblogs.com/leezx/p/6425620.html?utm_source=itdadao&utm_medium=referral

http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/77

安装配置BLAST+

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz

tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz

mv ncbi-blast-2.2.30+ ~/local/app/

cd ~/local/app/ 

mv ncbi-blast-2.2.30+ blast 

echo "export PATH=/db/home/liu507/local/app/blast/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

配置本地的BLAST库

cat .ncbirc 

[BLAST]

BLASTDB=/home/hsi/blast/db

数据库下载地址

Nt/Nr数据库：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/（直接使用）   

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/（需建索引）

KOG/COG 数据库：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG/KOG/

Swiss-Prot/TrEMBL/UniRef90数据库：http://www.uniprot.org/downloads

建索引

makeblastdb -in input.fasta -dbtype molecule_type -title database_title -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

   -dbtype    nucl为核酸，prot为蛋白

   -title 给数据库起个名

   -parse_seqids 推荐加上

   -out 后接数据库名，以后blast+搜索时要用到的-db的参数

   -logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕

核酸序列比对核酸数据库：

blastn -query x.fasta -db yyy -out zz.xml -evalue 1e-5 -max_target_seqs 5 -outfmt 5 -num_threads 20

不同物种之间e-5，同物种间e-10，线程数最多12

核酸序列比对蛋白质数据库：

blastx -query -out -db -outfmt 5 -evalue 1e-5 -max_target_seqs 5 -num_threads 20

BLASTN参数max_target_seqs和num_alignments应该是一样的

https://segmentfault.com/a/1190000015831475

插一句：

Blast+ xml格式解读

本地BLAST比对后，如果使用outfmt 5参数的话，会产生一个xml格式的文件。

1. 每条序列的所有对比信息是以标记Iteration开始，/Iteration结束，之间框在一起的则是一条序列的所有比对结果信息

2. 每条序列的比对结果是以标记Iteration_hits开始，/Iteration_hits结束，框架下面还有Hit表示序列的每个比对结果（是指一条序列比对上对应的一条满足阈值的序列），而Hsp则表示每个比对结果中的某一块的比对结果（比如一条序列上有好几处跟目标序列比对上了）

参考

http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/82