生物信息数据库：miRNA相关数据库
2020-02-23 本文已影响0人
挽山
数据库
1. miRWalk、mirDIP：综合型miRNA靶基因数据库
- http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
- http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp
- 说明：相比mirDIP, miRWalk提供的物种更多，而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用，但是由于整合的数据集较少，如果只是分析human中的miRNA靶基因信息，用mirDIP会更加全面一些。
参考： - https://www.jianshu.com/p/c9f0f1fba548 （miRWalk）
- https://www.jianshu.com/p/f1096a00268b（mirDIP）
2. TargeScan：哺乳动物miRNA靶基因数据库
- 地址：http://www.targetscan.org/vert_72/
- 说明：Context+值的选择一般取<-0.2（越负越好）
- 参考：https://www.jianshu.com/p/4ec17175256f
3. miRDB：软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库
4. miRTarBase：实验验证的miRNA靶基因数据库
5. TransmiR：转录因子和miRNA调控关系数据库
6. RNAcentral：非编码RNA数据库
- 地址：https://rnacentral.org/
- 说明：整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息，旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照
- 参考：https://www.jianshu.com/p/7dafccc5612f
7. miRCancer：肿瘤相关的miRNA表达谱数据库
- 地址：http://mircancer.ecu.edu/index.jsp
- 说明：通过收集和整理文献，给出肿瘤相关的miRNA以及对应的表达趋势
- 参考：https://www.jianshu.com/p/eb29d2a55ca5
8. mirbase：最全面的miRNA数据库
9. Rfam：RNA分类信息数据库
- 地址：http://rfam.xfam.org/
- 说明：根据多序列比对结果，二级结构的一致性，协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理
- 参考：https://www.jianshu.com/p/2f63ee75cf27
10. miRcode：人类miRNA结合图谱数据库
- 地址：http://www.mircode.org/index.php
- 说明：预测了miRNA与多种类型的RNA的相互作用
- 参考：https://www.jianshu.com/p/cb2a4daa2f8e
11. MirSNP：miRNA相关SNP位点数据库
- 地址：http://bioinfo.bjmu.edu.cn/mirsnp/search/
- 说明：存储miRNA相关SNP位点
- 参考：https://www.jianshu.com/p/e9282743b001
12. miRanda与mirSVR：miRNA结合位点预测工具
- 地址：http://www.microrna.org/microrna/home.do
- 说明：部分miRNA结合位点是非常规的，在物种间并不保守，对于这部分位点的预测，在算法上进行了改进。
- 参考：https://www.jianshu.com/p/6bb546b79ac7
