pull-down、RNA pull down了解一下

表观领域的学习分享是从这条微信开始的，刚开始看到这个的时候并不知道这些计划和技术是些什么，这些文字映射到脑子里无非就是一些汉字和字母的组合。当走到第22天——快要到达终点的时候，我们不忘初心再回到开始的地方，发现同样的文字，经过一段时间的学习积累脑子里开始有了他们的影像，可能记不清具体的细节但我们了解到了这些计划和技术在研究些什么东西。
回过头来看一看只有Pull-down实验还没有介绍过，今天我们一起来看下吧~

Pull-down实验

主要原理是利用带有标签的已知蛋白作为诱饵蛋白（最常用的是GST标签，即谷胱甘肽巯基转移酶，glutathione S-transferase），诱饵蛋白特异性结合谷胱甘肽亲和树脂，当目的蛋白溶液过柱时，将诱饵蛋白及其相互作用的蛋白复合物捕获。复合物洗脱后，通过蛋白凝胶电泳分析两种蛋白间的相互作用，或者筛选相应的目的蛋白。

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RNA pull down实验

顾名思义，是研究RNA与蛋白质相互作用的一种技术。利用生物素标记的RNA探针，通过与含有目的蛋白的溶液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。

复合物可以特异性结合磁珠，从而与孵育液中的其他蛋白分离。复合物洗脱后，通过蛋白凝胶电泳实验，检测特定的RNA与蛋白的结合情况。

随着高通量测序技术的发展，越来越多的长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）被注释出来，其广泛的生物学功能也成为近年来的研究热点。RNA与蛋白质的相互作用是发挥功能的主要作用机制之一，而作为检测RNA与其结合蛋白相互作用的一种重要的手段—RNA pull-down，具有不可或缺的意义。

简而言之，RNA pull-down实验就是先将RNA进行标记（如生物素探针标记），再与细胞裂解液共同孵育，从而形成RNA-蛋白质复合物，之后再分离复合物得到蛋白质，通过western blot 或 mass Spectrometry检测蛋白质的技术。目前RNA pull-down技术已成为研究miRNA、lncRNA与相互作用蛋白的主要技术手段之一。

RNA pull down实验注意事项

细致的前期准备过程，需要注意的是：RNA pull down过程需要严格杜绝RNase,以防止操作过程中RNA的降解。因此在整个实验步骤中所用到的EP管、枪头、镊子均需要DEPC水处理并灭菌，所有试剂均需要DEPC水配置并灭菌！处理后的各种耗材，需要在两周内用掉，超过两周需要重新处理。正式实验过程中，操作台需要用RNaseZAP擦净，以去除环境中的RNA酶的影响。

前期准备工作第一天

1. 配制新鲜的DEPC溶液：

将DEPC原液（生工）1ml,加入ddH2O中配置成1L的DEPC溶液，溶液中放入1.5mlEP管、0.2mlPCP管，枪头等；置于摇床中，慢速摇过夜；

前期准备工作第二天

1. 取出DEPC溶液及实验耗材，分别灭菌；

2. 用灭菌后的DEPC水配制如下试剂：

c、1M DTT：

DTT 溶液用0.01M 乙酸钠（PH=5.2）配制，1g DTT粉剂加入6.48ml 乙酸钠溶液中，溶解后过滤，分装后冻存于-20℃；

d、5M NaCl 50ml:

14.61g NaCl粉末加入50ml DEPC水中；

e、PBS（DEPC水配制）， 250ml。

东西配制齐全后，接下来就可以开始实验了。

参考资料：
1.https://www.jianshu.com/p/3da986ffac68
2.https://mp.weixin.qq.com/s__biz=MzAwOTk3NjM3Mw==&mid=2247490603&idx=1&sn=70b906589776c6afbe9966841829b451&chksm=9b563371ac21ba67d7f7c78af743eb4e719a56b870a770694bad26681046a24bedd9399ed614&scene=21#wechat_redirect
3.https://www.jianshu.com/p/29b2ec7fcf34
4.https://mp.weixin.qq.com/ssrc=11&timestamp=1552485396&ver=1482&signature=tK6rSsLnC4bM0fKDtQLGWCp2Orn1UDNIVJQ5fhSPW4Z5rLPE2oFnD9Q27NHIh27khAzrlscOyrpno7VmDZcpIdCWhtu7duw3IxyVyp1r5feMQ2Q6nSWDw70FW&new=1