Linux安装PartitionFinder2后能打开，但脚本运

  参考PartitionFinder2官方Manual及知乎、简书博主的经验安装如下：

conda create -n partititonfinder2
conda activate partititonfinder2

conda install python=2.7    #安装对应的Python版本（2.7.10以上，但不是3.x），python=2.7实际安装的是2.7系列最后的版本2.7.18

##开始安装Manual中要求的依赖包。注意：中文版Manual已更正所需的不是pytables，而是tables；Manual中要求的sklearn包装不上，参考网络教程安装scikit-learn包是一样的（同物异名）
pip install numpy pandas scipy scikit-learn #一次性安装4个包，也可分开pip install
pip install tables==3.2.0 #单独安装该包，指定版本3.2.0，这个版本能够在python2中运行，并在后面的操作中被顺利安装
conda install hdf5 #安装tables 3.2.0报错，HDF5什么的..因此参考网友的经验conda安装hdf5，网友添加了环境变量，但我似乎没有执行这一步
pip install tables==3.2.0 #重新尝试安装，仍然报错，numexpr什么的，依网友经验是numexpr版本太高了
pip install numexpr==2.6.2 #安装低版本的numexpr包
pip install tables==3.2.0 #重新安装，终于成功！

##开始下载安装PartitionFinder2
git clone [https://github.com/brettc/partitionfinder.git](https://github.com/brettc/partitionfinder.git) #网速慢的，windows下载了移到Linux去
unzip partitionfinder-master #解压下载的压缩包
cd partitionfinder-master #进入解压出的文件夹
make #编译
chmod 755 Partition*.py #给可执行文件添加读、写、执行权限

##至此能打开PartitionFinder.py，打印帮助信息，本以为大功告成，结果试运行脚本报错
cd /home/lyz/software/ partitionfinder-master /examples
PartitionFinder.py nucleotide #尝试运行
    ……
    File "tables/hdf5extension.pyx", line 696, in tables.hdf5extension.AttributeSet._g_setattr (tables/hdf5extension.c:7064)
    tables.exceptions.HDF5ExtError: HDF5 error back trace
        File "H5A.c", line 653, in H5Awrite
         not an attribute
    End of HDF5 error back trace
    Can't set attribute 'FILTERS' in node:
      / (RootGroup) ''.
    Closing remaining open files:./analysis/subsets/data.db...done

##这个报错搜索到的网页很少，国内无记录，google搜索到一例，但未见明确的解决方法。我折腾了一天，几近崩溃。最后只好求助朋友，希望他们的服务器可以安装上。他在安装的过程中，把我的注意力拉到中文版Manual，其中给了一条更新tables包的命令，我已别无他法，看到这个也不明就里，但试了试……
pip install --user --upgrade tables #更新tables包
PartitionFinder.py nucleotide #重新跑脚本，竟然没报错！！！

  最终安装上了Partitionfinder2，倍感欣慰，软件安装环境及依赖包，有时需精确到某个区间的版本。当看到那些报错的时候，就我而言多是难以理解的，这可能需要经验与直觉。就此案例分享，若有相仿者，望有所用。

参考文献：

[1] PartitionFinder2-Manual: http://www.robertlanfear.com/partitionfinder/assets/Manual_v2.1.x.pdf
[2] PartitionFinder2-Chinese manual: http://htmlpreview.github.io/?https://github.com/brettc/partitionfinder/blob/master/docs/PartitionFinder2%E7%9A%84%E4%B8%80%E8%88%AC%E4%BD%BF%E7%94%A8%E6%96%B9%E6%B3%95%EF%BC%88%E4%B8%AD%E6%96%87%E7%89%88-%E7%BD%91%E9%A1%B5%E7%89%88%EF%BC%89.html
[3] PartitionFinder 进化模型选择（安装部分）：https://zhuanlan.zhihu.com/p/347979197?utm_id=0
[4] 安装tables包遇到的问题：https://www.jianshu.com/p/2e23afa4b806