国内第一篇植物单细胞测序

之前关注王佳伟在植物发育阶段转变过程中调控机制的研究，洲更在生信界也是大名顶顶，不知道他们是一个课题组的。用到的统计方法有：t-SNE和UMAP算法，伪时间（pseudo-time）分析等，具体我还没有看论文。

2019年4月18日，国际学术期刊Molecular Plant 杂志在线发表了中国科学院分子植物科学卓越创新中心/植物生理生态研究所王佳伟研究组题为"A single-cell RNA sequencing profiles the developmental landscape of Arabidopsis root "的研究论文，在单细胞水平揭示了拟南芥根尖细胞的异质性，描绘了拟南芥发育全景图（developmental landscape）并重构了根尖分生组织细胞的发育轨迹。

王佳伟研究组建立了植物单细胞RNA测序与分析系统，并将这一技术应用在拟南芥根的研究中。通过前期大量预实验，成功捕获了7,695个根单细胞转录组数据。在无监督分析条件下，这些根细胞被归为24个细胞类群。细胞类群注释分析鉴定了一些潜在的新细胞类型，并找到了一批细胞类型标记基因。尤为重要的是，通过t-SNE和UMAP算法展示聚类，重构了根发育的基本轨迹，实现了根分生组织细胞分裂和分化在单细胞水平上的准确投影。进一步利用伪时间（pseudo-time）分析，捕获了根尖分生组织细胞的分化轨迹和过渡态细胞，解析了根分生组织细胞如何通过协调细胞分裂和分化进程逐步形成根尖不同细胞类型的分子机理。此外，通过分析细胞类群对离子吸收和激素响应情况，揭示了不同根细胞类群的响应热图。该研究加深了我们对拟南芥根细胞组成和发育轨迹的认识，将根发育生物学从原先的组织器官水平提升到了单细胞水平。