群体遗传学TBtools使用

群体结构分析 | Pophelper 的“平替版”

2022-04-02  本文已影响0人  生信石头

写在前面

终于到了这一天,我又捡起了七八年做群体分析的技能....只是那会我画图就用 ggplot2,而现在我只用「TBtools」。基于重测序数据的群体结构分析,很多时候,我们会用一款软件,即 Admixture(替代传统的 Structure,后者太慢了)。输出的结果可视化,才能方便下游分析。大概可视化结果是这样



Emmm...图片从 Pophelper 软件文档复制过来。
为了做这个可视化,我花了大半天看了 Pophelper 的软件文档,这是一个 R 包。使用起来,极其复杂。说实话,真的搞不清楚作者到底是想干什么。花了一点时间,出了个图,但是呢加个标签也很难。确实受不了。索性自己写一个.....30min不到,我就搞定这个图了。



说实话,比 Pophelper 好看,关键是用起来简单。很多时候,我们只是要做个简单的可视化,并不需要一大堆的参数,细节控制。后者我们可以 AI 啊。

使用教程

整体上,这个功能的使用,只需要一张图,即可说明。



左侧放入不同的 Q 矩阵,右侧是可选项,如果你要加上标签,可以加上。
最下面的 Sort Mode ,可以对个体进行排序,默认按照血统比例排序....

写在最后

Emmm,挺简单的。这个功能....

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