ARED：AU富集区域查找

ARED：AU富集区域查找

转录后调控是基因表达中的重要步骤，而富含AU的区域（ARE）是转录后调控的重要位点。它们是顺式作用元件。最初它们在mRNA的3‘UTR区域发现并可以调节mRNA的衰变和翻译。另外最近研究发现，在基因的内含子区域也ARE也可以调控基因的表达。

写的前面

ARED-Plus数据库，是一个可以用来预测基因是否含有AU富集区域的数据库。这个数据库可以通过通过基因名的检索。来预测这个基因是否会收到ARE的调控。

figure 1.png

使用方法

使用方法很简单，网站提供了三种检索方式：基本检索; 高级检索以及列表批量检索。三种检索方式大同小异，这里就介绍一下基本检索。

打开基本检索之后，我们可以看到下面这个界面。

1. 首先需要我们去选择的是。想看3UTR区还是内含子区的ARE。我们把两个都选上。
2. 另外直接输入检索的关键词即可；最基本的还是基因名。我们这里输入： RNF180。
3. 点击搜索即可

figure 2.png

结果解读：

检索完之后，我们可以得到关于这个基因是否有ARE的信息。如下图：

figure 3.png

结果中如果3‘UTR区和内含子去都有调控位点。默认显示的是3’UTR的结果。我们可以通过切换成内含子的结果。对于结果的检索网站还同时提供了结果的下载。

PS：需要注意的是，这个网站目前就提供了最基本的查询信息。如果还要查看进一步的信息。需要去他们开发的另外一个网站：AREsite2

AREsite2

figure 4.png

该网站的使用也是很简单的。我们需要做的就是：

1. 选择感兴趣的motif
2. 选择物种
3. 选择感兴趣的区域
4. 输入想要查看的基因名：我们这里还是选择RNF180

figure 5.png

数据下载

关于ARED-Plus数据库。如果觉得每次上网站检索很麻烦的话。网站提供了把所有数据下载下来的功能。我们选择 FTP即可看到下载所有数据的界面。

figure 6.png

下载下来的数据是这个样子的。信息还是挺全的。这样加入我有整个基因组很多靶向基因进行分析的时候。就可以批量进行个性化检索或者处理了。

figure 7.png