外泌体多组学09-cell与exosome sRNA数据分析大比
这里有一篇文章：比较同一个样本的常规细胞sRNA测序与外泌体sRNA测序数据不同以及背后差异的可能原因。
文章信息
- 文献标题：KRAS-dependent sorting of miRNA to exosomes
- Doi：10.7554/eLife.07197.001
- 发表时间：Cha et al. eLife 2015;4:e07197
- 通讯作者：
- James G Patton 美国纳什维尔，范德比尔特大学医学中心 生物科学系
- Robert J Coffey 美国纳什维尔，范德比尔特大学医学中心 细胞和发育生物学系
主要结论：小RNA比对率外泌体50-71%相比于细胞大于85%低-由于错配多-外泌体小RNA整体片段分布比细胞小但miRNA分布相似说明很多来自于降解的其他RNA片段
数据情况
我们使用仅在KRAS状态上有所不同的等基因匹配的CRC细胞系：DKO-1、DKs-8、DLD-1，从外泌体和整个细胞中制备了sRNA文库。每种类型三个生物学重复。
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小ncrna在外泌体分布的差异
对所有三种细胞系的细胞和外泌体小RNA的全面测序分析显示，超过85%的细胞RNA的reads比对到基因组，而外泌体只有50-71%(图1A)。没有比对上的reads主要由包含与基因组序列不匹配的序列组成。
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sRNA文库包含很多种类的sRNA，在细胞与外泌体中富集的sRNA种类有差异：与其他ncRNA类别(如tRNAs、rNAs、snRNAs)相比，细胞RNA样本miRNA序列富集（∼70%），而外泌体样本中的miRNA reads占总小reads的比例较小（5-18%）
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外泌体的小RNA reads分布要广泛得多，许多reads的长度小于22个核苷酸，鉴于这些reads大多比对到已知miRNA以外的RNA，这些数据表明，大部分小的外泌体RNA reads来自于其他RNA的加工，而转录后修饰的miRNA reads显然受到编辑、修剪和/或跟踪
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当通过映射回已知的miRNA发夹序列，将reads的身份限制为miRNA时，细胞和外泌体之间的可映射reads的长度分布几乎相同：(21–23 nucleotides)
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cellular data的miRNA表达谱计算样本组内和组间的spearman相关性系数都挺高：组内(r = 0.95–0.96)，组间(r = 0.92–0.96)
外泌体miRNA表达谱计算样本间相关性系数较低：组内DKO-1 r = 0.67–0.81, DKs-8 r = 0.64–0.71, DLD-1 r = 0.64–0.69
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PCA分析结果与上面一致：
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与细胞的miRNA表达谱计算的组间相关性差异相比，外泌体miRNA表达谱计算的组间相关性差异更大：可能是KRAS突变影响了不同的miRNA被分选进外泌体
这部分结果：通过比较同一个样本的常规细胞sRNA测序与外泌体sRNA测序数据的比对率，miRNA reads占总小reads的比例，小RNA reads长度分布，样本间相关性等差异展示了 常规细胞sRNA测序与外泌体sRNA测序数据之间的不同，并给与了一定的解释。
