用VMD做出发表级的蛋白三级结构图

用VMD做出发表级的蛋白三级结构图

windows版本的VMD软件可在公众号生信星球回复“VMD”获得，且附带软件中文教程。
其他版本下载地址：VMD各版本的软件下载地址

1.读取文件

注意，VMD不认识中文路径，直接拖拽可以跳过路径识别，所以中文路径也不成问题。

2.设置New Coortoon图层

3.显示关键氨基酸

此蛋白的特点是有6个半胱氨酸（CYS）组成3个二硫键稳定结构，因此突出显示半胱氨酸。

4. surf图层

5.背景改为白色，删除坐标轴

删除坐标轴

6.添加个别氨基酸的标记

鼠标设为原子模式 标记颜色为黑色 方框中调整标签的相对位置，format删除“:”以及之后的部分

双击surf对应的Rep，隐藏surf图层，按住鼠标左键旋转调整图片显示的角度。

点击想要标记的氨基酸的任意原子。如果不小心多点了某个原子则在Graphics-labels-delete删除。

添加完成后再次双击对应的Rep，显示surf图层。调整标签大小和粗细。

7.导出高清图片

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