系统进化树的美化工具
当你构建完系统进化树，你当然是想让他变得美美哒，最后是能达到发CNS的level。
下面简单给大家介绍两个比较好用的在线的进化树美化工具。
ITOL
ITOL是Interaction Tree Of Life（网址：http://itol.embl .de/）的简称，它是一个集在线展示、注释和管理进化树的交互工具。绘图过程中可以随意调整树枝、标签的颜色、形状和字体。而iTOL最大的特点是可以同时展示不同的数据集，并按照个性化的需求控制数据集的位置、大小和颜色，并允许导出高质量的位图和矢量图。
输入文件准备
输入文件主要包含两个部分：
1）原始进化树文件
只能识别Newick、Nexus、PhyloXML、Text和Jplace等格式的纯文本文件（plain text files），比如MEGA等软件输出的Newick文件或者以.tre为后缀的文件。
进化树注释文件
通过下载iTOL官网上提供的进化树不同数据集注释模板（网址：http://itol.embl.de/help.cgi#annot，模板下载参考下图操作），将自己的数据按照模板修改从而获得注释文件。
以tol_binary.txt文件为例：使用编辑器打开该文件，翻到如下图所示界面，对图中的4个参数进行编辑，保存后即可直接用于进化树的注释。
输入文件上传
将原始进化树文件按如下图流程进行上传，需要注意的是进化树注释文件直接拖动至进化树绘制面板中即可，无需上传。
进化树绘制面板介绍
数据上传后，网页会跳转至进化树绘制面板界面。
通过调整控制面板（Controls）中的参数可对进化树进行简单编辑，如调整图形模式（Display mode），物种字体（Label font），树枝粗细，颜色（Branch lines ），甚至任意旋转进化树的方向（Parameters）等。比如下图就是经过简单编辑后产生的进化树图
高级的美化
当然iTOL在线工具的功能还有很多，同时也提供相应的在线学习视频，各位感兴趣的看官可登陆官网进行查看和学习。
链接：
https://itol.embl.de/video_tutorial.cgi?p=a#
如果国内的同学不能打开，欢迎在留言区留言，可以下载并上传给大家。
进化树的导出
最后的最后千万别忘了把已经做好的进化树导出来。ITOL提供多种格式图形导出功能包括矢量图（Vector）、位图（Bitmap）和树文件（Text)
Evolview
Evolview可在线进行系统进化分析，简约而不简单。能够标注较复杂的注释信息，可导出多种格式的文件，包括pdf、svg、tiff、png，而且绘制完成的进化树可永久性的保存在网站里，也可进行共享。心动了吧，那快猛戳这里，http://www.evolgenius.info/evolview
首先，我们要注册账号，见下图：如果只想看一下效果，点Use without an account进入主界面。
输入文件准备
需导入Newick、NHX、PhyloXML和Nexux等格式的纯文本文件（plain text files），比如MEGA等软件输出的Newick文件，见下图
进入操作界面
工具栏包括基本设置、高级设置、添加注释信息和导出文件。网站首页有18个DEMOS和5个SHOWCASES供大家参考学习。
导入文件
设置分支颜色
格式：location，color，commands，共三列，由制表符分隔。
location—一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点
color—颜色的名称
commands—控制命令（可不设）
示例：
控制命令说明：
ad—应用到所有分支和叶节点
prefix—应用到以第一列字符起始的所有叶节点上
suffix—应用到以第一列字符结尾的所有叶节点上
anywhere—应用到包含第一列字符的所有叶节点上
toroot—应用到从叶节点到根节点的所有分支上
设置标签及其背景颜色
设置标签装饰
格式：location shape,color[:stroke_color]
至少有2列：由制表符分隔。可以设置多列，格式和作用与第2列相同，即一个标签可以设置多个装饰图形。
形状类型：triangle(三角形)、circle(圆形)、rect(矩形)、star(星形)、check(勾形)
location—一个叶节点的名称
shape,color[:stroke_color]—装饰形状（shape），填充色（color），边框色（stroke_color）。
注意：勾形只能为纯色。
设置分组标签
格式要求：
设置语句含2列，以制表符分隔。
location—一个叶节点，或者由逗号分隔的2个叶节点
label—颜色的名称设置文字标签（text=label，必须）和格式参数（color可选）
2种格式参数设置方式：
全局参数—以“!groupLabel”起始，放在第一行，作用于所有语句
局部参数—放置在每条语句后，只作用于当前语句，且局部参数会覆盖全局参数。
格式参数列表
示例：
设置Bootstrap值(注：进化树必须含有bootstrap值)
格式要求：
设置语句含2列，以制表符分隔。
bootstrap值范围—一个值，或者由逗号或冒号分隔的2个值
bootstrap值的显示格式参数
2种格式参数设置方式：
全局参数—以“!bootstrapValueStyles”起始，放在第一行，作用于所有语句
局部参数—放置在每条语句后，只作用于当前语句，且局部参数会覆盖全局参数。
个性化设置
在图中添加柱状图、热图、点图、箱线图等。
这里只是给出两个比较好用的美图工具，具体怎也操作也还需要大家自己去探索。当年你有需要时候，你花点时间去学，肯定会画出一份高颜值的进化树的。
参考资料:
吉美生物公众号
