暑期培训TBtools配置相关调整（win和macOS)

无论是windows或者macOS用户，安装和配置完成TBtools之后，在About菜单下，点击Check Dependency菜单，查看是否全部依赖均已解决。

写在前面

昨天整理的macOS和windows下完整配置TBtools依赖的办法，不过今天在70+个人的测试下（其中10+位macOS用户），发现存在一些问题，当然多半是昨天流程整理是没有经过二次测试。经过今天的整理，需要做的具体调整如下

macOS用户安装指南调整

注意，现在TBtools已经有Mac安装器，故本教程已经作废。

第零
安装所有依赖之前，先移动MacDependency到自己喜欢的目录，在从终端切换到该无目录下进行安装

第一，MEME安装中
调整三处代码如下

tar zxf meme_5.0.4.tar.gz
# 之前有一个“换行”丢失
# cd meme_5.0.4 ./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
# 现在变成两行
cd meme_5.0.4
./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
# ./confure运行时也可能报错，那么就在最前面添加 sh 如下
/bin/sh ./configure --prefix=$HOME/meme --with-url=http://alternate.meme-suite.org/ --enable-build-libxml2 --enable-build-libxslt 
# 如果是权限问题，那么就先 sudo -s
make
make install
# 设置到环境变量
# 之前有一个“echo ”丢失
# export PATH=$HOME/meme/bin:$PATH >> ~/.profile
# 现在补充如下 20190715更新
echo export PATH=$HOME/meme/bin:$PATH >> ~/.profile
cd ..  # 回到MacDependency目录

第二，hmmer安装中
执行的过程中，运行到make check会报错，无需理会，直接执行剩下的命令

tar zxf hmmer.tar.gz
cd hmmer-3.2.1
./configure
make
make check  # 此处运行后会报错，无需理会
make install
(cd easel; make install)
cd ../.. # 回到MacDependency目录

第三，MCScanX安装中
Xcode似乎在目前常见的MacOS版本已经不会再出问题
针对昨天的流程，我们增加一行代码

unzip MCScanX.zip
cd MCScanX
### 增加如下一行
perl -i -pe 'print qq{#include <unistd.h>\n} if $count++==0;$count=0 if eof(ARGV)' msa.h dissect_multiple_alignment.h detect_collinear_tandem_arrays.h
make
echo export PATH=`pwd`:\$PATH >> ~/.profile
cd .. # 回到MacDependency目录

最后，打开TBtools的推荐姿势
建议增加一行代码

source ~/.profile
java -Xmx2G -jar 路径到TBtools.jar

windows用户安装指南调整

在windows下使用TBtools_XXX.exe安装器安装，多数情况下会正常。如果发现确实存在依赖没有解决，那么考虑将TBtools主目录下的bin目录添加到系统变量，大体如下：

点击确定，点击应用，点击确定，

最后，有必要就重启电脑，尤其是win10用户。

写在最后

祝大家暑期快乐