GFF (general feature format): 可以用于任何基因组注释的存储

GTF (gene transfer format): 严格的用于基因注释信息的存储

格式转换

使用Cufflinks里面的工具"gffread":

使用conda安装:conda install -c bioconda gffread

#gff3 to gtf

gffread all.gff3 -T -o all.gtf

#gtf to gff3

gffread all.gtf -o- > all.gff3