工具 | AnnoSINE: 植物基因组短散在重复序列注释工具
2022-08-12 本文已影响0人
shwzhao
原文：AnnoSINE: a short interspersed nuclear elements annotation tool for plant genomes
期刊：Plant Physiology
发表时间：2021.11.18
工具地址：https://github.com/yangli557/AnnoSINE
AnnoSINE 首先通过基于 隐马尔可夫模型的同源性搜索 和 结构特征的从头搜索 来最大化 SINE 候选池，然后通过整合所有已知的 SINE 特征和其他经常被错误注释为 SINE 的 TEs 来排除假阳性。
AnnoSINE 改善了 灵敏度 和 准确度 之间的权衡，两个值都接近或超过 90%，并且在拟南芥和水稻测试结果表明，其可以与现有的 SINE 注释工具竞争。
对于 TE，对于 SINE，文章有更详细的介绍。
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