R | MCMCtreeR: MCMCtree 的文件准备和结果

物种分歧时间估计的软件有：

• r8s
• BEAST
• PAML | mcmctree
  简书 | 斩毛毛 | mcmctree估算物种分歧时间
  简书 | Mr_我爱读文献 | mcmctree估算物种分歧时间
  陈连福 | 使用PAML进行分歧时间计算
• ......

该分析是比较基因组分析中必要的一步，其中 PAML 的 mcmctree 估计是现在最受欢迎的一款软件。
但我一直没有从头做过，因为所需的配置文件、生物学和数学原理看上去比较复杂，没愿意花时间琢磨（又笨又懒）。
这里有两款软件（R包）可能可以帮助解决/理解：

• MCMCtreeR（2019）
  MCMCtreeR: functions to prepare MCMCtree analyses and visualize posterior ages on trees
  https://cran.r-project.org/web/packages/MCMCtreeR/index.html
  https://github.com/PuttickMacroevolution/MCMCtreeR
• mcmc3r
  https://github.com/dosreislab/mcmc3r
  https://dosreislab.github.io/2017/10/24/marginal-likelihood-mcmc3r.html

实践（待补充）：

补充：

• TimeTree
• 一些问题：
  获得单拷贝 OGs，单拷贝 cDNA 序列比对，串联起来。
  是否需要剪切？什么时候剪切？
  三个密码子分开
  跟 ka ks计算的关系是什么？
  baseml 在里面的作用是什么？