Chip-seq和ATAC-seq的区别

为了找到开放染色质区，基因组被TN5转座酶处理。在ATAC-Seq中，修饰后的TN5将与NextEra接头相对应的DNA序列插入到基因组的开放区域，同时，DNA被转座酶的活性剪切。

这也就决定了ATAC-seq与Chip-seq call出来的peak代表的意义不同。

Chip-seq peak是被目的蛋白结合拉下来的DNA，一般只有一个峰，而ATAC-seq是被Tn5转座酶切开、没有被组蛋白结合、染色质开放的DNA位点，如果是TF结合的区域，一般会有一个山谷般的存在。

ChIP-seq和ATAC-seq在TF或者Tn5结合区域都会形成一个双峰的reads结合模式，但在判断peak的时候，会有不同的标准。

chip-seq是由于TF一起沉淀下来的DNA 片段一般会大于TF的结合区域，read的位置并不是真实的TF结合的位置，需要向里面shift；而ATAC-seq也需要shift，但一般是往两边shift。 image.png