ChIP-seq文献分享（一）：先来一个pipeline
2019-07-06 本文已影响0人
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文献标题：Fish the ChIPs: a pipeline for automated genomic annotation of ChIP-Seq data
该流程可以分为以下五个部分：
- quality controls
- alignment to a reference genome
- peak calling
- genomic annotation
- generation of raw signal tracks for visualization on the UCSC and IGV genome browsers
详细的步骤如下图所示：
看完整篇文献对ChIP-seq分析有了一个整体的认识。不过这篇文献引用较少，说明用这个流程的人不多，后面再看看有没有更好的流程。
文献标题：Ethylene induces combinatorial effects of histone H3 acetylation in gene expression in Arabidopsis
