PyMOL小白自留教程3——PyMOL基础教程1

       书接上文，对于普通使用者来说，使用PyMOL是为了更好的将预测的蛋白质三维结构模型呈现出来。本期将从蛋白质三维结构预测开始演示如何使用PyMOL呈现三维结构，做出自己满意的图片。

一. 三维结构预测

预测三维结构通常使用的网站有：

SWISS-MODEL(https://swissmodel.expasy.org/)

phyre2(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index)

I-TASSER(https://seq2fun.dcmb.med.umich.edu//I-TASSER/)

下面将以SWISS-MODEL为例，三维结构模型，并可视化。

1.进入SWISS-MODEL网页点击Start Modelling

点击Start Modelling

2. 将氨基酸序列粘贴入方框，并点击Build Model

3. 选择出最佳模型，保存.PDB格式文件

二. 三维结构在PyMOL成像和调整

1. 载入模型

1）如载入自己预测的三维结构模型：

选择File→open→选择预测好的三维结构模型.PDB格式。

2）如载入PDB数据库（https://www.rcsb.org/）已有的三维结构模型：

选择File→get PDB→输入PDB ID

如：人类CCL20，PDB ID：2jyo

载入后界面：

2. 将背景色调节为白色

Display→Background→white

当模型载入后，在后侧菜单栏中会出现模型的名称和对应菜单栏。注意以下操作皆在2jy0对应的菜单栏进行。

3. 选择模型展现形式

PyMOL支持展示三维结构模式有cartoon，lines，sticks，mesh、surface、ribbon、dots、spheres等，可以根据需要来选择。使用最多的是cartoon模式。

在右侧菜单栏中选择S（Show）→as→cartoon

其他的模式以此类推。

使用鼠标左键，调节三维结构大小、位置、景深等（方法见：https://www.jianshu.com/p/01613bd11033），将其调整为最佳的展示位置。

4. 模型上色

PyMOL提供多种模型上色模式，此处以按二级结构上色为例。

在右侧菜单栏选择C（Color）→by as→选择不同的颜色搭配。

此处将Helix：红；Sheet：黄；Loop：绿

5. 生成图片

选择右上角的Draw/Ray→调整分辨率（300DPI）→Ray（slow）→保存图片

注：生成图片时，一般选用Ray（slow）可以更生动地呈现出三维结构的景深、阴影等。

以上即是使用PyMOL处理三维结构模型的最简单的方法。请批评指正。

接下来一期将进一步对该三维结构进行细节展示上优化。