安装时间：2021.2.16

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1. 简介

    seqkit是一套针对fasta/fastq序列文件进行各种处理的文件，能够满足常见的需求。仅将目前常用的使用方法记录如下。后续遇到需要处理fasta/fastq文件序列时，再继续研究。

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2. 安装

利用conda一键安装

conda install seqkit

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3. 使用

3.1 统计文件中的基因数量，碱基多少和GC含量

seqkit fx2tab -lingH <文件.fasta>

3.2 反向互补序列

seqkit seq -rp <文件a.fasta> > <文件b.fasta>

文件a中可以包含多条序列

3.3 格式化每条序列的输出长度

seqkit seq <test.fa> -w 50 > <test_50.fa>

默认是60个碱基一行

3.4 比较多个文件中ID相同的序列

seqkit common <test1.fa> <test2.fa> -o <common.fasta>

3.5 输出比较文件中序列相同的序列

seqkit common <test1.fa> <test2.fa> -s -i -o <common.fasta>

3.6 按照序列长度进行排序输出

seqkit sort -n <test.fa> -o <outfile.fa>

3.7 将一个文件切割成6份

seqkit split hairpin.fa -p 6

3.8 一个fasta文件小写转变成大写

seqkit seq test.fa -u > test_upper.fa

转变为小写用选项-l