Cell Hashing||单细胞多模态分析

Cell Hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics

细胞哈希（Cell Hashing）是一种在单细胞rna测序平台上实现样本多模态复用和超负载的方法，由纽约基因组中心的技术创新实验室与Satija实验室（Seurat开发团队）合作开发。

其实就是建立一个mRNA与细胞表面膜蛋白的一个索引或者字典。

2017年7月31日，纽约基因组研究中心（NYGC）研究人员在《自然方法》发表论文称，研究开发了一种新型基因组工具CITE-seq，能帮助推动单细胞RNA测序的进程，深入解读单细胞的特性，有效区分不同的细胞类型，以及研究多种人类疾病的发病机制。

CITE-seq（Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing）能够对数千个单细胞的表面蛋白标记物进行测定，同时对相同单细胞中的信使RNA进行测序。研究人员正在对该技术进行概念验证研究，他们结合转录组学技术，对8000个单细胞表面的10种表面蛋白进行了监测，这是目前为止对单细胞进行的最大规模的多维度分析。

细胞散列使用一系列低标记抗体来对应广泛表达的表面蛋白，这些蛋白具有不同的条形码（barcode），从而对来自不同样本的细胞进行唯一的标记，这些细胞随后可以在一次scRNA-seq运行中富集。通过在细胞转录组旁边对这些标签进行测序，我们可以将每个细胞分配到它的起源样本，并从多个样本中地识别出膜蛋白的信息。

Sample multiplexing schematic Sample super-loading schematic

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新型基因组工具CITE-seq实现单细胞大规模多维度分析
Cell Hashing with barcoded antibodies enables multiplexing and doublet detection for single cell genomics