RNA-SEQ(八):GSEA富集分析
2023-02-27 本文已影响0人
生信小白花
做分化过程中cAMP信号通路的GSEA富集分析
Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)简称GSVA，由麻省理工学院和哈佛大学研究团队2005发表在Proc Natl Acad Sci U S A.提出来的一个基因功能富集方法，目前已经引用2万多次，可谓是做基因富集分析的常用工具[。同时GSEA官网在windows平台和MAC平台上也提供一个可视化的软件，只需点击鼠标即可完成。
目的：转录组测序数据通过KEGG富集分析得到一些关键通路，但这些通路的变化情况却不太清楚。GSEA可以得到通路的上下调信息。
数据：人类基因组图谱背景文件，分组信息，counts矩阵，信号通路注释信息。
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.gct文件是在counts矩阵中增加一列NA，增加两行，第一行#1.2，第二行分别是基因数目和样本数目，每个样本名也要改成CON前缀和ALL前缀（这个可以自定义，但要和后面的.cls文件统一）。全部改好后将文件名后缀改成.gct
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.cls如下，手动整理的，6 2 1分别是总样本数，组别（实验组和对照组两组就为2）,1是固定的。
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.gmt文件是在GSEA官网下载的信号通路注释信息，这个文件也可以根据自己的需求筛选出想要的通路。
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.chip文件也直接在官网下载，不用更改。
软件：GSEA软件下载：http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp 要下载到Java，这个是在Java基础上运行的软件，根据你的数据大小，选择不同内存的版本，2G内存开始的GSEA版本需要的是64位的Java 1.8版。
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步骤：
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导入所有数据。
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输入所需的文件，并且设置输出文件。
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点击Run运行。
结果：
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