Nature|原核生物基因生物地理学研究
2022-01-11 本文已影响0人
胡童远
文章
标题：Towards the biogeography of prokaryotic genes
译题：原核生物基因生物地理学研究
期刊：Nature
单位：复旦大学
时间：2021.12
摘要
微生物基因编码了地球上生命的大部分功能。然而，尽管在各种生境的宏基因组测序方面作出了越来越多的努力，但人们对全球生物圈内基因的分布情况知之甚少，这对人类和地球健康有何影响。在这里，我们从14个主要栖息地的13174个公开的元基因组中构建了一个包含3.03亿个物种水平基因(聚在95%的核苷酸一致)的非冗余基因目录，并使用它来表明大多数基因都是特定于单个栖息地的。在多个生境中发现的一小部分基因富集在抗生素抗性基因和移动遗传元素标记中。通过进一步将这些物种水平的基因聚类到3200万个蛋白质家族中，我们发现这些家族中的一小部分包含大部分的基因(0.6%的家族占50%的基因)。大多数物种水平的基因和蛋白质家族是罕见的。此外，物种水平的基因，特别是稀有的基因，显示出较低的积极(适应性)选择率，这支持了一个模型，即在每个蛋白家族中观察到的大多数遗传变异是中性或接近中性。
1 The Global Microbial Gene Catalogue
2 Most genes are habitat-specific
3 Richness patterns are habitat-specific
4 Most genes are rare
