1. 前言

今天花了好多时间在折腾circos，一直安装不上。都怪自己基础不扎实，同时也没有做好笔记。以前我在Linux上面安装成功的，也是折腾很久，可惜没有任何记录，最终还是忘记怎么回事。

这两天看到洲更大神在简书上面更新了circos使用教程，兴起想着也跟着学习一下吧，因为这个出图实在是太漂亮了，非常向往。下面就是软件自带的图，跑了一下真是被惊艳到了。

2. 安装

• 第一步，我想着还是用conda来进行安装circos，就像洲更在笔记里面使用的方法。同时我得先安装conda，根据柠檬小暴的简书教程，我安装完了conda，然后就安装circos。本来我以为应该很顺利的就能解决（毕竟大家都说conda大法好，软件环境配置相当方便），结果依旧缺少一些perl模块。GD模块是最关键的，而且是出了名的难以安装，我查了好多网上的资料，都在说GD的问题。
• 后面搜索到了简书上另外一片文章《MAC OSX 安装 Color summarizer 与 Circos》，就是通过这篇文章，我就解决了安装的问题。太具体就看这篇文章，我这里就简单记录一下，以防万一又忘记。
• GD模块安装，首先得安装相关的依赖包，关键的一个是libgd。直接用homebrew工具安装，过程中还自动会安装其他一些需要的依赖包。命令——brew install libgd
• Mac自带perl，而且它的库文件只有root才有权来读写，因此安装的时候总是权限不足。解决办法其实比较简单，先赋予cpan暂时的root权限，然后进行perl模块安装就行了。

sudo cpan
perl -MCPAN -e shell
install "模块名"

3. 试运行circos例子

• 最后再一次检查模块是否安装完全circos -modules，可以看到运行的结果，都是显示OK的话，就基本没有问题了。
• 运行example文件夹中的文件，出图就说明没有问题了。

感谢我在文章中提到的简书作者，给了我帮助。