1. Spades

细菌基因组组装最佳软件(主观感受)，可进行二代组装，三代组装以及二代三代混合组装。

2. Unicycler

基于Spades 软件进行了改进，也可进行二代组装，三代组装以及二代三代混合组装，需要二代三代混合组装推荐使用它。

3. Shovill

基于Spades 软件进行了改进，组装速度更快，但只能用于二代数据组装。

4. prokka

细菌基因组基因注释最佳软件(主观感受)，作为本地版软件注释速度和质量很不错，注释比较好的在线软件 ncbi/pgap, RAST和PATRIC, 在线软件递交任务麻烦并且注释花费时间长，大量注释细菌基因组不现实，且一些参数不够灵活。

5. Dfast_core

这个软件最先出的在线版，后来出了这个本地版本，注释速度和质量跟prokka差不多。