国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——lig
2019-04-23 本文已影响0人
颤抖吧__小虫子
tip:昆虫,水生动物基因组杂合度较高。
植物基因组组装的挑战
gene family,tandem replicates,polyploid,genome size,high heterozygosity,clustered located repeat,high repeat content
Genome survey
国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——ligc
kmer评估基因组大小和基因组杂合度
M=N*(L-K+1)/L
M:kmer peak;N:real sequencing depth;L:read length;K:kmer length
国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——ligc杂合度和重复度的评估
基因组注释之后将外源污染序列识别并去除(kmer低频区):比对
重复序列的特征:真核/原核
国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——ligc2019/4/30
基因组学分析与实践
基因组组装
resequencing genome
de novo assembly
de bruijin(k-mer)
国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——ligc
动物基因组intron普遍偏长,可以采用unigene
基因组拼接评估:
国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——ligc
depth VS coverage
基因结构及功能注释
蛋白,rna,软件预测三种都有的最准确
国科大课程:基因组信息系统与实践笔记(19/4/23)——ligc