Mol Plant | WGDI：用于基因组复制和核型进化分析的

2023-01-31 本文已影响0人小杜的生信筆記

本期内容为WGDI：用于基因组复制和核型进化分析的工具包

本文发表在Mol Plant期刊上，详情可看文章：WGDI: A user-friendly toolkit for evolutionary analyses of whole-genome duplications and ancestral karyotypes

该软件开发者是四川大学Liu jianquan课题组，主要是基于Python开发的工具，于2023年10月27日发表在molecular Plant期刊中。
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Abstract

全基因组复制(WGDs)和随后的核型变化的证据已经在地球上大多数主要的生物体谱系中被检测到。为了阐明基因组分析中基因共线性的复杂多层模式，需要方便而准确的工具箱。为了满足这一需求，我们开发了 WGDI (Whole-Genome 复制综合分析) ，这是一个基于 Python 的命令行工具，可以帮助全面分析递归多倍化事件和跨物种基因组比对。WGDI 支持三个主要的工作流程(多倍体推断、基因组同源性的等级推断和祖先染色体核型分析) ，可以改善基于高质量染色体水平基因组的 WGD 检测和 WGD 相关事件的角色塑造。重要的是，它可以提取完整的同线性片段，便于重建详细的核型进化。这个工具包可以在 GitHub上免费获得。作为其应用的一个例子，WGDI 令人信服地澄清了 WGD 后蓝色 Aquilegia 和葡萄 Vitis vinifera 的核型进化，并拒绝了 Aquilegia 作为核心双子叶植物异源多倍体起源的亲本谱系的假设。
软件链接：https://github.com/SunPengChuan/wgdi

安装：

Bioconda

pip install -c bioconda wgdi

Pypi

pip3 install wgdi

文章作者还录制两个WGDI的使用教程，分别发表在B站和YouTube中。

# B站网址
https://www.bilibili.com/video/BV1qK4y1U7eK/
https://www.bilibili.com/video/BV195411P7L1/

# YouTube网址
 https://youtu.be/k-S6FVcBIQw
 https://youtu.be/QiZYFYGclyE

两个教程讲述的比较详细，感兴趣的可以自己去观看。