STRING-Cytoscape
2019-11-29 本文已影响0人
Juan_NF
以下用大量截图展示
1.不明觉厉
The STRING database in 2017: quality-controlled protein–protein association networks, made broadly accessible
- 蛋白的关系包括直接的（物理上的binding）和间接的相互作用；
- STRING的证据来源主要有7个
- Experiments
- Database
- Textmining
- Coexpression: 多个条件下，表达模式上一致的蛋白，相关性得分（association score）高；
- Neighborhood：在彼此的基因组邻居中有表达；
- Fusion：在至少一个物种中，两个蛋白的同源物融合成一个编码蛋白的基因；
- Co-occurrence:两个蛋白分布一致，即其同源物在相同的物种中表现出存在或缺失的现象；
2.STRING网页的使用过程
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直接粘贴差异基因list，我看到的文献也有使用了非差异基因的，后续会在cytoscpae中用degree进行筛选；
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- 界面很人性化，有提示，直接CONTINUE即可；
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- 如果不太复杂，直接下载tsv格式进行下一步可视化即可；
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也可采纳STRING里的富集分析结果于自己的分析中，页面下方下载即可；
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如果基因数目太多，可以通过其他设置（比如，confidence score），这样后续可视化也会好看些；设置后，update，再回到Exports界面导出tsv格式的string_interactions;
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3.Cytoscape
- 这里用到了两个文件，从STRING下载到的string_interaction.tsv和对差异基因的一些限制，比如（p.value）；
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- 导入相应文件
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- 筛选
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风格的设定
这里根据之前的symbol的上下调与否，进行颜色的筛选；选定之后点击Lock node width and height,可以根据symbol的限制作size的调整；风格可以依据需求作discrete和continuous的mapping；
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网络计算
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调整后可转存图片
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