安装qiime1之前，我们先通过这张流程图简单了解一下Qiime分析流程。另外，因为我使用的macOS系统，所以主要会详述macOS系统的操作。

Summary of Qiime Workflow

Knight. Using QIIME to analyze 16S rRNA gene sequences from Microbial Communities: (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3249058/)

macOS QIIME安装（包括其他必须的软件）

1.Miniconda

Miniconda如何安装大家可以自行百度。简书也有很多帖子关于miniconda的安装，这里就不赘述了。

#创建qiime1的环境并安装qiime
conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda
#激活qiime1环境检测是否安装成功
source activate qiime1
print_qiime_config.py -t
#通过Miniconda激活环境及退出qiime1环境
source activate qiime1
source deactivate

image.png

我是使用miniconda3安装完之后看到了一个叫做MacQIIME的安装方法（似乎很easy的样子）。在这里也贴出来。另外，之后分析的过程中有一些软件用miniconda办法的可能没有下载安装，需要根据报错自己另行安装。

2.MacQIIME

#下载MacQIIME
wget -P $HOME ftp://ftp.microbio.me/pub/macqiime-releases/MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
tar -xvf $HOME/MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7.tgz
cd $HOME/MacQIIME_1.9.1-20150604_OS10.7

安装MacQIIME(macOS10.7-10.10)

bash install.s
macqiime

image.png

安装MacQIIME(macOS 10.11+)

# 将MacQIIME的文件复制到你的home目录
rsync -a ./macqiime $HOME
#对macOS 10.11+的用户，在终端输入macqiime不会初始化MacQIIME环境。需要我们打开一个新的终端运行以下命令
# 修改.bash_profile文件的许可权保证你是owner
sudo chown $(whoami) $HOME/.bash_profile
# 添加变量到.bash_profile
echo "alias macqiime='source $HOME/macqiime/configs/bash_profile.txt'" >> $HOME/.bash_profile
# 激活.bash_profile
source $HOME/.bash_profile

另外为了保证Qiime1的正常使用你需要下载合适的R。下载好R后需要下载一些包。
https://cloud.r-project.org/bin/macosx/

R for Mac OS X

#在终端里输入下述命令，安装需要的包
R -e "install.packages(c('optparse', 'gtools', 'klaR', 'RColorBrewer','survival', 'mvtnorm', 'modeltools', 'coin', 'MASS'), repos = 'http://cran.stat.ucla.edu') ; source('http://bioconductor.org/biocLite.R'); biocLite(c('metagenomeSeq', 'DESeq2', 'phyloseq', 'randomForest', 'vegan', 'ape', 'biom'))"

Linux

Linux可以使用miniconda或者anaconda。

Miniconda和Anaconda的区别：
Anaconda则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。
*Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。