DNAcopy包主要用于分析测量DNA 拷贝数的芯片数据(Comparative Genomic Hybridization (array CGH) data).其原理主要是寻找数据定量后的断点，断点后的基因组丰度相较于对照组的比率与断点前发生显著变化。断点对应于潜在DNA拷贝数发生变化的位置，可以用来识别拷贝数变化的区域。

# 分析实例

##数据

在Snijders et al. (2001)中选取了一个数据集，命名为coriell；数据中包含两个CGH数据集。下面实例使用数据GM05296。

##实例分析

library(DNAcopy)
data(coriell)

将数据转换为CNA对象

CNA.object <- CNA(cbind(coriell$Coriell.05296),
                   coriell$Chromosome,coriell$Position,
                   data.type="logratio",sampleid="c05296")

分析之前，可以对单点异常值进行平滑拟合一下。

smoothed.CNA.object <- smooth.CNA(CNA.object)

然后进行segmentation

segment.smoothed.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object, verbose=1)
Analyzing: c05296

画图

plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="w")

image.png

plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="s")

image.png

plot(segment.smoothed.CNA.object, plot.type="p")

image.png

sdundo.CNA.object <- segment(smoothed.CNA.object,
                              undo.splits="sdundo",
                              undo.SD=3,verbose=1)
Analyzing: c05296

plot(sdundo.CNA.object,plot.type="s")

image.png

#参考

DNAcopy: A Package for Analyzing DNA Copy Data