fastqc的安装和使用

1、打开下载目录

cd /bigdata/wangxj/Gobi_16s/raw

2、下载

nohup wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip &

3、解压

unzip fastqc_v0.11.5.zip

4、进入解压目录

cd FastQC

5、设置可执行权限

chmod u+x fastqc #chmod 754 fastqc

6、配置环境变量

vim ~/.bashrc

export PATH="/bigdata/wangxj/Gobi_16s/raw/FastQC:$PATH"  # 在文件最后一行输入o，开始编辑；将命令添加至文件最后一行；esc退出编辑，输入:wq! 退出

source ~/.bashrc  #使配置文件生效

fastqc --help  #测试

发现ll，ls，vim都不能用了。执行下面两行命令

export PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

vim /etc/profile            ##再在文件中末esc，输入:wq!退出

就OK了

把java也添加到环境变量中

which java

export PATH="/bin/java:$PATH"

批量运行

for id in ../*fq

do 

echo $id

/bigdata/wangxj/Gobi_16s/raw/FastQC/fastqc -f fastq -o /bigdata/wangxj/Gobi_16s/raw/fastqc_result $id

done

安装multiqc，合并报告

（pip install multiqc ）用python3.0以上版本安装

（conda install -c bioconda -c conda-forge multiqc）用conda安装

multiqc fastqc_result/* 

参考

https://www.jianshu.com/p/776f1045d21d