Day 3 - Software Installation
2020-03-15 本文已影响0人
咚_e4c6
LunaprimRose 2020.03.15
Day 3.png
Conda
Package, dependency and environment management for any language—Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN, and more
conda_logo.png
Anaconda & Miniconda
Anaconda
Anaconda® is a package manager, an environment manager, a Python/R data science distribution, and a collection of over 7,500+ open-source packages
Anaconda is free and easy to install, and it offers free community support
Anaconda.png
Miniconda
Miniconda is a free minimal installer for conda
It is a small, bootstrap version of Anaconda that includes only conda, Python, the packages they depend on, and a small number of other useful packages, including pip, zlib and a few others
Anaconda or Miniconda
Choose Anaconda if you:
- Are new to conda or Python
- Like the convenience of having Python and over 1,500 scientific packages automatically installed at once
- Have the time and disk space---a few minutes and 3 GB
- Do not want to individually install each of the packages you want to use
Choose Miniconda if you:
- Do not mind installing each of the packages you want to use individually
- Do not have time or disk space to install over 1,500 packages at once
- Want fast access to Python and the conda commands and you wish to sort out the other programs later
Download
Anaconda
bio02@VM-0-10-ubuntu:~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
--2020-03-15 12:09:36-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 546910666 (522M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh’
Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh 100%[==============================================================================================>] 521.57M 3.70MB/s in 2m 27s
2020-03-15 12:12:03 (3.56 MB/s) - ‘Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh’ saved [546910666/546910666]
Miniconda
bio02@VM-0-10-ubuntu:~/src$ wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
--2020-03-15 12:04:02-- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
Resolving mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)... 101.6.8.193, 2402:f000:1:408:8100::1
Connecting to mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn (mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)|101.6.8.193|:443... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 89817099 (86M) [application/octet-stream]
Saving to: ‘Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh’
Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh 100%[==============================================================================================>] 85.66M 3.93MB/s in 21s
2020-03-15 12:04:23 (4.11 MB/s) - ‘Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh’ saved [89817099/89817099]
Installation & Configuration
以 Linux Miniconda 为例
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~/src$ bash Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
Welcome to Miniconda3 4.8.2
In order to continue the installation process, please review the license
agreement.
Please, press ENTER to continue
>>>
- 按
Enter进行下一步
Do you accept the license terms? [yes|no]
[no] >>>
- 输入
yes后按Enter进行下一步
Miniconda3 will now be installed into this location:
/home/bio02/miniconda3
- Press ENTER to confirm the location
- Press CTRL-C to abort the installation
- Or specify a different location below
[/home/bio02/miniconda3] >>>
- 按
Enter进行下一步
Do you wish the installer to initialize Miniconda3
by running conda init? [yes|no]
[no] >>>
- 输入
no后按Enter完成安装 - 启动
conda
bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ source /home/bio02/miniconda3/bin/activate
- 禁止启动时激活
conda基础环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda config --set auto_activate_base false
- 编辑
conda配置文件.condarc
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ vim /home/bio02/.condarc
- 添加清华大学镜像站
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
- 清除索引缓存
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda clean -i
Use Miniconda
以安装 FastQC 为例
- 查看环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio02/miniconda3
- 新建
myenv环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda create -n myenv python=3
- 启动
myenv环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate myenv
- 搜索
FastQC
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda search -c bioconda fastqc
- 安装
FastQC
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install -c bioconda fastqc -y
- 查看已安装软件
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda list
# packages in environment at /home/bio02/miniconda3/envs/myenv:
#
# Name Version Build Channel
_libgcc_mutex 0.1 main defaults
ca-certificates 2020.1.1 0 defaults
certifi 2019.11.28 py38_0 defaults
fastqc 0.11.9 0 bioconda
font-ttf-dejavu-sans-mono 2.37 h6964260_0 defaults
fontconfig 2.13.0 h9420a91_0 defaults
freetype 2.9.1 h8a8886c_1 defaults
icu 58.2 h9c2bf20_1 defaults
ld_impl_linux-64 2.33.1 h53a641e_7 defaults
libedit 3.1.20181209 hc058e9b_0 defaults
libffi 3.2.1 hd88cf55_4 defaults
libgcc-ng 9.1.0 hdf63c60_0 defaults
libpng 1.6.37 hbc83047_0 defaults
libstdcxx-ng 9.1.0 hdf63c60_0 defaults
libuuid 1.0.3 h1bed415_2 defaults
libxml2 2.9.9 hea5a465_1 defaults
ncurses 6.2 he6710b0_0 defaults
openjdk 8.0.152 h7b6447c_3 defaults
openssl 1.1.1d h7b6447c_4 defaults
perl 5.26.2 h14c3975_0 defaults
pip 20.0.2 py38_1 defaults
python 3.8.1 h0371630_1 defaults
readline 7.0 h7b6447c_5 defaults
setuptools 46.0.0 py38_0 defaults
sqlite 3.31.1 h7b6447c_0 defaults
tk 8.6.8 hbc83047_0 defaults
wheel 0.34.2 py38_0 defaults
xz 5.2.4 h14c3975_4 defaults
zlib 1.2.11 h7b6447c_3 defaults
- 卸载
FastQC
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda remove fastqc -y
- 退出
myenv环境
(myenv) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda deactivate
- 删除
myenv环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda remove -n myenv --all
- 退出
conda环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda deactivate
Customized environment
配置一个 ChIP - seq 分析环境
bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ source miniconda3/bin/activate
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda create -n chip-seq python=3
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate chip-seq
(chip-seq) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda install -c bioconda fastqc cutadapt bwa samtools macs2 -y
安装过程
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /home/bio02/miniconda3/envs/chip-seq
added / updated specs:
- bwa
- cutadapt
- fastqc
- macs2
- samtools
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_r-mutex-1.0.0 | anacondar_1 3 KB defaults
binutils_impl_linux-64-2.33.1| he6710b0_7 3.7 MB defaults
binutils_linux-64-2.33.1 | h9595d00_15 26 KB defaults
blas-1.0 | mkl 6 KB defaults
bwa-0.7.17 | hed695b0_7 523 KB bioconda
bwidget-1.9.11 | 1 116 KB defaults
bz2file-0.98 | py37_1 13 KB defaults
bzip2-1.0.8 | h7b6447c_0 78 KB defaults
cairo-1.14.12 | h8948797_3 906 KB defaults
certifi-2019.11.28 | py37_0 153 KB defaults
curl-7.68.0 | hbc83047_0 135 KB defaults
cutadapt-2.6 | py37h516909a_0 173 KB bioconda
dnaio-0.3 | py37h14c3975_1 129 KB bioconda
fribidi-1.0.5 | h7b6447c_0 101 KB defaults
gcc_impl_linux-64-7.3.0 | habb00fd_1 41.9 MB defaults
gcc_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 27 KB defaults
gfortran_impl_linux-64-7.3.0| hdf63c60_1 7.8 MB defaults
gfortran_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 27 KB defaults
glib-2.63.1 | h5a9c865_0 2.9 MB defaults
graphite2-1.3.13 | h23475e2_0 98 KB defaults
gsl-2.4 | h14c3975_4 1.8 MB defaults
gxx_impl_linux-64-7.3.0 | hdf63c60_1 15.0 MB defaults
gxx_linux-64-7.3.0 | h553295d_15 26 KB defaults
harfbuzz-1.8.8 | hffaf4a1_0 507 KB defaults
intel-openmp-2020.0 | 166 756 KB defaults
jpeg-9b | h024ee3a_2 214 KB defaults
krb5-1.17.1 | h173b8e3_0 1.3 MB defaults
libcurl-7.68.0 | h20c2e04_0 431 KB defaults
libgcc-7.2.0 | h69d50b8_2 269 KB defaults
libgfortran-ng-7.3.0 | hdf63c60_0 1006 KB defaults
libssh2-1.9.0 | h1ba5d50_1 269 KB defaults
libtiff-4.1.0 | h2733197_0 447 KB defaults
libxcb-1.13 | h1bed415_1 421 KB defaults
macs2-2.2.6 | py37h516909a_0 1.5 MB bioconda
make-4.2.1 | h1bed415_1 415 KB defaults
mkl-2020.0 | 166 128.9 MB defaults
mkl-service-2.3.0 | py37he904b0f_0 218 KB defaults
mkl_fft-1.0.15 | py37ha843d7b_0 154 KB defaults
mkl_random-1.1.0 | py37hd6b4f25_0 321 KB defaults
numpy-1.18.1 | py37h4f9e942_0 5 KB defaults
numpy-base-1.18.1 | py37hde5b4d6_1 4.2 MB defaults
pango-1.42.4 | h049681c_0 464 KB defaults
pcre-8.43 | he6710b0_0 209 KB defaults
pigz-2.4 | h84994c4_0 64 KB defaults
pip-20.0.2 | py37_1 1.7 MB defaults
pixman-0.38.0 | h7b6447c_0 364 KB defaults
python-3.7.6 | h0371630_2 44.9 MB defaults
r-base-3.5.3 | h067a564_0 39.2 MB defaults
samtools-1.7 | 1 1.0 MB bioconda
setuptools-46.0.0 | py37_0 510 KB defaults
six-1.14.0 | py37_0 27 KB defaults
tktable-2.10 | h14c3975_0 86 KB defaults
wheel-0.34.2 | py37_0 51 KB defaults
xopen-0.7.3 | py_0 11 KB bioconda
zstd-1.3.7 | h0b5b093_0 401 KB defaults
------------------------------------------------------------
Total: 305.5 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_r-mutex pkgs/r/linux-64::_r-mutex-1.0.0-anacondar_1
binutils_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::binutils_impl_linux-64-2.33.1-he6710b0_7
binutils_linux-64 pkgs/main/linux-64::binutils_linux-64-2.33.1-h9595d00_15
blas pkgs/main/linux-64::blas-1.0-mkl
bwa bioconda/linux-64::bwa-0.7.17-hed695b0_7
bwidget pkgs/main/linux-64::bwidget-1.9.11-1
bz2file pkgs/main/linux-64::bz2file-0.98-py37_1
bzip2 pkgs/main/linux-64::bzip2-1.0.8-h7b6447c_0
cairo pkgs/main/linux-64::cairo-1.14.12-h8948797_3
curl pkgs/main/linux-64::curl-7.68.0-hbc83047_0
cutadapt bioconda/linux-64::cutadapt-2.6-py37h516909a_0
dnaio bioconda/linux-64::dnaio-0.3-py37h14c3975_1
fastqc bioconda/noarch::fastqc-0.11.9-0
font-ttf-dejavu-s~ pkgs/main/noarch::font-ttf-dejavu-sans-mono-2.37-h6964260_0
fontconfig pkgs/main/linux-64::fontconfig-2.13.0-h9420a91_0
freetype pkgs/main/linux-64::freetype-2.9.1-h8a8886c_1
fribidi pkgs/main/linux-64::fribidi-1.0.5-h7b6447c_0
gcc_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::gcc_impl_linux-64-7.3.0-habb00fd_1
gcc_linux-64 pkgs/main/linux-64::gcc_linux-64-7.3.0-h553295d_15
gfortran_impl_lin~ pkgs/main/linux-64::gfortran_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1
gfortran_linux-64 pkgs/main/linux-64::gfortran_linux-64-7.3.0-h553295d_15
glib pkgs/main/linux-64::glib-2.63.1-h5a9c865_0
graphite2 pkgs/main/linux-64::graphite2-1.3.13-h23475e2_0
gsl pkgs/main/linux-64::gsl-2.4-h14c3975_4
gxx_impl_linux-64 pkgs/main/linux-64::gxx_impl_linux-64-7.3.0-hdf63c60_1
gxx_linux-64 pkgs/main/linux-64::gxx_linux-64-7.3.0-h553295d_15
harfbuzz pkgs/main/linux-64::harfbuzz-1.8.8-hffaf4a1_0
icu pkgs/main/linux-64::icu-58.2-h9c2bf20_1
intel-openmp pkgs/main/linux-64::intel-openmp-2020.0-166
jpeg pkgs/main/linux-64::jpeg-9b-h024ee3a_2
krb5 pkgs/main/linux-64::krb5-1.17.1-h173b8e3_0
libcurl pkgs/main/linux-64::libcurl-7.68.0-h20c2e04_0
libgcc pkgs/main/linux-64::libgcc-7.2.0-h69d50b8_2
libgfortran-ng pkgs/main/linux-64::libgfortran-ng-7.3.0-hdf63c60_0
libpng pkgs/main/linux-64::libpng-1.6.37-hbc83047_0
libssh2 pkgs/main/linux-64::libssh2-1.9.0-h1ba5d50_1
libtiff pkgs/main/linux-64::libtiff-4.1.0-h2733197_0
libuuid pkgs/main/linux-64::libuuid-1.0.3-h1bed415_2
libxcb pkgs/main/linux-64::libxcb-1.13-h1bed415_1
libxml2 pkgs/main/linux-64::libxml2-2.9.9-hea5a465_1
macs2 bioconda/linux-64::macs2-2.2.6-py37h516909a_0
make pkgs/main/linux-64::make-4.2.1-h1bed415_1
mkl pkgs/main/linux-64::mkl-2020.0-166
mkl-service pkgs/main/linux-64::mkl-service-2.3.0-py37he904b0f_0
mkl_fft pkgs/main/linux-64::mkl_fft-1.0.15-py37ha843d7b_0
mkl_random pkgs/main/linux-64::mkl_random-1.1.0-py37hd6b4f25_0
numpy pkgs/main/linux-64::numpy-1.18.1-py37h4f9e942_0
numpy-base pkgs/main/linux-64::numpy-base-1.18.1-py37hde5b4d6_1
openjdk pkgs/main/linux-64::openjdk-8.0.152-h7b6447c_3
pango pkgs/main/linux-64::pango-1.42.4-h049681c_0
pcre pkgs/main/linux-64::pcre-8.43-he6710b0_0
perl pkgs/main/linux-64::perl-5.26.2-h14c3975_0
pigz pkgs/main/linux-64::pigz-2.4-h84994c4_0
pixman pkgs/main/linux-64::pixman-0.38.0-h7b6447c_0
r-base pkgs/r/linux-64::r-base-3.5.3-h067a564_0
samtools bioconda/linux-64::samtools-1.7-1
six pkgs/main/linux-64::six-1.14.0-py37_0
tktable pkgs/main/linux-64::tktable-2.10-h14c3975_0
xopen bioconda/noarch::xopen-0.7.3-py_0
zstd pkgs/main/linux-64::zstd-1.3.7-h0b5b093_0
The following packages will be DOWNGRADED:
certifi 2019.11.28-py38_0 --> 2019.11.28-py37_0
pip 20.0.2-py38_1 --> 20.0.2-py37_1
python 3.8.1-h0371630_1 --> 3.7.6-h0371630_2
setuptools 46.0.0-py38_0 --> 46.0.0-py37_0
wheel 0.34.2-py38_0 --> 0.34.2-py37_0
Downloading and Extracting Packages
libssh2-1.9.0 | 269 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl_fft-1.0.15 | 154 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
gsl-2.4 | 1.8 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
numpy-1.18.1 | 5 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
gfortran_linux-64-7. | 27 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
fribidi-1.0.5 | 101 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
bwidget-1.9.11 | 116 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
wheel-0.34.2 | 51 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libxcb-1.13 | 421 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
gxx_linux-64-7.3.0 | 26 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
cutadapt-2.6 | 173 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
gcc_impl_linux-64-7. | 41.9 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl-2020.0 | 128.9 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
python-3.7.6 | 44.9 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
libtiff-4.1.0 | 447 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pip-20.0.2 | 1.7 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
libgfortran-ng-7.3.0 | 1006 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
make-4.2.1 | 415 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
certifi-2019.11.28 | 153 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pcre-8.43 | 209 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl_random-1.1.0 | 321 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
macs2-2.2.6 | 1.5 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
libgcc-7.2.0 | 269 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
bzip2-1.0.8 | 78 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
glib-2.63.1 | 2.9 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
curl-7.68.0 | 135 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
six-1.14.0 | 27 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
dnaio-0.3 | 129 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
xopen-0.7.3 | 11 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pango-1.42.4 | 464 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
graphite2-1.3.13 | 98 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pixman-0.38.0 | 364 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
r-base-3.5.3 | 39.2 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
gxx_impl_linux-64-7. | 15.0 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
gfortran_impl_linux- | 7.8 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
jpeg-9b | 214 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
intel-openmp-2020.0 | 756 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
blas-1.0 | 6 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
binutils_linux-64-2. | 26 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
mkl-service-2.3.0 | 218 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
pigz-2.4 | 64 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
krb5-1.17.1 | 1.3 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
gcc_linux-64-7.3.0 | 27 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
cairo-1.14.12 | 906 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
_r-mutex-1.0.0 | 3 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
samtools-1.7 | 1.0 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
harfbuzz-1.8.8 | 507 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
setuptools-46.0.0 | 510 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
numpy-base-1.18.1 | 4.2 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
tktable-2.10 | 86 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
bz2file-0.98 | 13 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
binutils_impl_linux- | 3.7 MB | ########################################################################################################################################## | 100%
zstd-1.3.7 | 401 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
libcurl-7.68.0 | 431 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
bwa-0.7.17 | 523 KB | ########################################################################################################################################## | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
导出环境配置
(chip-seq) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda env export > chip-seq.yaml
chip-seq.yaml
name: chip-seq
channels:
- bioconda
- defaults
dependencies:
- _libgcc_mutex=0.1=main
- _r-mutex=1.0.0=anacondar_1
- binutils_impl_linux-64=2.33.1=he6710b0_7
- binutils_linux-64=2.33.1=h9595d00_15
- blas=1.0=mkl
- bwa=0.7.17=hed695b0_7
- bwidget=1.9.11=1
- bz2file=0.98=py37_1
- bzip2=1.0.8=h7b6447c_0
- ca-certificates=2020.1.1=0
- cairo=1.14.12=h8948797_3
- certifi=2019.11.28=py37_0
- curl=7.68.0=hbc83047_0
- cutadapt=2.6=py37h516909a_0
- dnaio=0.3=py37h14c3975_1
- fastqc=0.11.9=0
- font-ttf-dejavu-sans-mono=2.37=h6964260_0
- fontconfig=2.13.0=h9420a91_0
- freetype=2.9.1=h8a8886c_1
- fribidi=1.0.5=h7b6447c_0
- gcc_impl_linux-64=7.3.0=habb00fd_1
- gcc_linux-64=7.3.0=h553295d_15
- gfortran_impl_linux-64=7.3.0=hdf63c60_1
- gfortran_linux-64=7.3.0=h553295d_15
- glib=2.63.1=h5a9c865_0
- graphite2=1.3.13=h23475e2_0
- gsl=2.4=h14c3975_4
- gxx_impl_linux-64=7.3.0=hdf63c60_1
- gxx_linux-64=7.3.0=h553295d_15
- harfbuzz=1.8.8=hffaf4a1_0
- icu=58.2=h9c2bf20_1
- intel-openmp=2020.0=166
- jpeg=9b=h024ee3a_2
- krb5=1.17.1=h173b8e3_0
- ld_impl_linux-64=2.33.1=h53a641e_7
- libcurl=7.68.0=h20c2e04_0
- libedit=3.1.20181209=hc058e9b_0
- libffi=3.2.1=hd88cf55_4
- libgcc=7.2.0=h69d50b8_2
- libgcc-ng=9.1.0=hdf63c60_0
- libgfortran-ng=7.3.0=hdf63c60_0
- libpng=1.6.37=hbc83047_0
- libssh2=1.9.0=h1ba5d50_1
- libstdcxx-ng=9.1.0=hdf63c60_0
- libtiff=4.1.0=h2733197_0
- libuuid=1.0.3=h1bed415_2
- libxcb=1.13=h1bed415_1
- libxml2=2.9.9=hea5a465_1
- macs2=2.2.6=py37h516909a_0
- make=4.2.1=h1bed415_1
- mkl=2020.0=166
- mkl-service=2.3.0=py37he904b0f_0
- mkl_fft=1.0.15=py37ha843d7b_0
- mkl_random=1.1.0=py37hd6b4f25_0
- ncurses=6.2=he6710b0_0
- numpy=1.18.1=py37h4f9e942_0
- numpy-base=1.18.1=py37hde5b4d6_1
- openjdk=8.0.152=h7b6447c_3
- openssl=1.1.1d=h7b6447c_4
- pango=1.42.4=h049681c_0
- pcre=8.43=he6710b0_0
- perl=5.26.2=h14c3975_0
- pigz=2.4=h84994c4_0
- pip=20.0.2=py37_1
- pixman=0.38.0=h7b6447c_0
- python=3.7.6=h0371630_2
- r-base=3.5.3=h067a564_0
- readline=7.0=h7b6447c_5
- samtools=1.7=1
- setuptools=46.0.0=py37_0
- six=1.14.0=py37_0
- sqlite=3.31.1=h7b6447c_0
- tk=8.6.8=hbc83047_0
- tktable=2.10=h14c3975_0
- wheel=0.34.2=py37_0
- xopen=0.7.3=py_0
- xz=5.2.4=h14c3975_4
- zlib=1.2.11=h7b6447c_3
- zstd=1.3.7=h0b5b093_0
prefix: /home/bio02/miniconda3/envs/chip-seq
用 environment.yml 配置文件创建环境
(base) bio02@VM-0-10-ubuntu:~$ conda env create -f chip-seq.yaml
