2018-12-10

2018-12-11 本文已影响5人悦时光_

2018.12.10

课堂笔记：

建库方式，质控；定量，发现新的基因；
⁉ 有参转录组？无参考基因组？
GFF/GTF 比对工具 HISAT2 ； sambools
Q20 ，Q30，GC 含量（每个样品之间小于2%，超过这个值很可能被细菌污染）；reads sum

找参考基因组？3G，建库 MP 和PE 建库；sanger 测序，二代测序通量高；三代测序读长？；
测序→ 比对→HISSAT2 ，STAR ，比对效率的监控
PCA 分析样本数大于5，功能：相关性高的放在一起；
WGCNA 分析
二代测序 SRP 号 accession list；
软件下载 1，，2源代码，3，镜像安装；
anaconda 搜索 miniconda 清华然后看帮助文档；建议装python2
shell ，less 查看文本文档，ll -tr 的功能， .sh 是一个文本文件
安装 wget bash 是否把路径放到环境变量里边（export PATH="/home/vip15/miniconda2/bin: $PATH" added by Miniconda2 installer export PATH="/home/vip22/miniconda2/bin:$ PATH"
⁉ 第一个必须？第二个必须是$？）；.bashrc 和bashrc 的区别；
子命令不能用tabla 匹配， minicoda 三个done 表示安装完成；
质控，fastq 4的倍数什么意思？
fastq 软件质控，multiqc，
装包 cran install.packages ,BiocManager 第三种方法： GitHub

听linux 视频笔记

要学习的资料： linux 常用命令.png linux 常用命令的书籍看一遍；
通配符是批量处理的高效符号
linux 系统认知主要是Windows 是采用图文一起进行命令采集的，而且通过点击进行查看的。linux系统则要求你用心的发出你的命令，而且要熟悉每个命令的具体参数，Linux 系统里的命令更方便被召唤，但是就像一本字典，你得记住每一个命令；
常用命令（什么时候都得遵循语法遵循语法哈）
命令名称 | 功能 | 易犯错误

ps -ef | |查看运行程序
sleep 100 & 后台运行服务器
ps -ef |grep sleep 查看后台挂在程序
ls table pwd 用100遍以上
echo 内容打印到屏幕上
文本处理命令
文件处理命令
ls {-a，-l，-t，-h，-r} 以各种参数显示文件基本信息
mkdir { -p}，创建目录或者嵌套目录
rmdir -r 删除文件及文件夹