三代测序 说 序章 （2023）

自从18年前二代测序问世，测序创新的脚步从未放慢。虽然由很多厉害的算法努力通过重叠序列（overlapping sequences）连接短的读段（reads），但由于基因组的绝对长度和复杂性使得很难生成完整序列，经常导致许多缺失部分和错误。这推动了许多long-read sequencing策略的发展。现阶段两种使用最为广泛的三代测序商业技术是太平洋生物科学公司（PacBio）的单分子实时（SMRT）测序（平均读取长度约20kb，HiFi读取准确率>99.9%）和牛津纳米孔技术公司（ONT）的纳米孔测序（超长读取平均读取长度~100kb，R10.4准确率约99%）。三代测序技术的革新以及应用的拓展一直也离不开这两家公司的持续推动。

2022年《Nature methods》将长读长测序（Long-read sequencing，LRS）评选为2022年度方法，彰显了LRS在帮助实现更完整地阅读和理解基因组、全长转录组和表观基因组方面的重大贡献。这是长读长测序在历经十来年的发展终于登上了舞台，站在聚光灯下星光崭现。

本人很有幸在2013年开始接触测序技术，利用一代Sanger测序平台（ABI 3730xl）研究人类的起源、迁徙与进化，到利用二代测序平台（illumina Miseq）平台研究城市化进程与肠道微生物的关系，再到入职后负责学院三代测序平台（PacBio Sequel II）的实验和数据分析，一路走来也有十年之余了。经历了二代测序技术的崛起，也正在见证着三代测序技术的发展。我也相信随着精确度的提升，通量的提高以及价格的下降，三代测序在很多应用场景会逐步取代二代测序。作为一个对测序技术和分析极度感兴趣的青年教师，我也想和其他测序工作者一样，能为三代技术的发展做一些自己的贡献，并以此为平台能够结交对三代测序技术，数据分析、应用和行业发展感兴趣的同学老师。

于是 《三代测序-说》 这个专栏的名字就诞生了。对于简书专栏的内容及发展：

1. 三代测序生物信息学分析流程搭建与分享；

2 .三代测序相关文章生信分析的复现；

3. 三代测序应用挖掘与转化；

4. 三代测序相关科研成果分享 - 邀请学术大咖；

5. 三代测序行业发展 - 邀请企业大咖。