思路清奇SCI:15.ECM相关基因+gliomas(1.5分)

无意中发现一篇纯生信文章，虽然发表在神刊Medcine，但还是有一定参考价值的。

PMID: 33879726

知识点

• ECM: extracellular matrix, 细胞外基质，作者整理了2个ECM相关基因集，KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION和KEGG FOCAL ADHESION
• Cistrome Center: 由哈佛大学刘小乐团队开发，旨在明晰transcription factors (TFs)的作用。
• STRING:用于构建蛋白-蛋白互作网络（protein-protein interaction, PPI）.
• DAVID: 差异基因进行富集分析，类似好用的网站有Enrichr.
• GSEA富集分析，结果筛选条件NOM P value <.05 and an FDR Q value of <0.25

整体思路

提取ECM相关基因，差异分析，构建TF-DEG互作网络；针对差异基因进行Unicox和Lasso回归，构建预后模型，随后用CGGA数据库验证，并针对预后模型进行周边分析（GSEA、免疫细胞浸润、免疫检查点(PD1, PDL1, LAG3, HAVCR2, BTLA, CTLA4)）。

结果

1.差异分析

对ECM和转录因子进行差异分析，并构建TF-DEGs和DEGs互作网络。

Fig.1
Fig.2

2.基因筛选→模型构建→验证

Fig.3
Fig.4
Fig.5

3.模型周边分析

根据风险评分，分为高低两组，评价免疫细胞浸润及与免疫检查点的关系。

Fig.6

最后进行GSEA富集分析。

总结

本文依据ECM相关基因构建模型，并进行验证，整体思路形成一个闭环，不过感觉有点太干，可以再加些其他内容，比如a.选择ECM相关基因的原因；b.模型构建基因（突变、CNV、甲基化，与TNM关系，CCLE+HPA+CPTAC）; c.模型周边（TMB,ESTIMATE, mRNAsi, CNV, ATAC-seq, 药物反应，免疫治疗反应等）。
参考链接：
Identification and validation of a risk signature based on extracellular matrix-related genes in gliomas