39 - 动物模型需要考虑的效应

在构建动物模型时，需要考虑影响牛和性状的效应：

• 1 时间和位置 - 固定效应
  (1) 时间上：环境改善或变坏（太多月或者太热）；饲料质量和数量随时间改变； 分类可以采用星期，月，年（可以根据产犊时间）。但是需要确保每个类别中具有足够的牛数.
  (2) 如果数据收集来自动物地区（分布很广），则应该也考虑位置效应
  一般采用两者进行交叉： 产犊季节x年x位置

-2 临时分组 - 随机效应
一般是考虑： 牛场（herd，代表管理系统） x 产犊年(calving year). 动物在不同群体不同年份饲养。如果想要更细分，可以将产犊年改为产犊季节或产犊月份
当然，对于犊牛进行断奶，和公，母分开饲养，也可能加入其中：herd x calving year x management
当然也有： herd x calving year x calving season 当做固定效应，氮使用herd在calving year x calving season可能没有意义，如果数据为20或30年的数据. 如果为短时间收集的数据，则可行。
但是在将herd x calving year 作为随机效应后，不能再将herd x calving year x season 作为固定效应

• 3 与时间交互的固定效应
  305天产奶量可能随着母牛的产奶年龄发生变化，随意一般也会对这类性状，考虑calving age，这可能是随着时间改变，饲料发生了改变。
  模型应该被认为是动态的和不断发展的，而不是多年或几代人的静态。

• 4 加性遗传效应 - 随机效应
  最初假设，动物需要随机交配，但是因为对动物进行育种，这个假设时不成立的。

需要完整的关系矩阵来描述这个关系。
但是因为GS对犊牛的提前选择，会使随机交配产生更大偏差

需要注意对未知父母分组。
对于老数据的使用

• 5 永久环境效应 - 随机效应
  当一个性状在一个泌乳期或短时间测量多次的话，可以估计其永久环境效应。其在实际中最常用。
  但是环境一般不是不变的， 在动物模型中应使用累积环境影响而不是永久环境影响。