学习小组Day3——linx瑜
2019-05-22 本文已影响0人
Linx鱼
软件的搜索、安装及卸载
- bzip2(为什么需要这个压缩命令?难道下载的软甲都是压缩包 需要bzip2解压缩??)
yum install -y bzip2 (-y应该放在软件前还是后还是都可以?后面有install fastqc -y) - 需要应用商店--miniconda(鼠标左键复制 右键黏贴)
2.1. 下载miniconda wget 下载链接
2.2. 运行miniconda bash
2.3. 激活conda source ~/ .bashrc - 添加镜像
(conda config --remove-key channels )
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
conda config --set show_channel_urls yes - conda的使用
4.1 查看软件列表 conda list
4.2 搜索软件 conda search XX
4.3 安装软件 conda install XX -y XX=n.nn指定版本号为n.nn
4.4 卸载 - conda环境
5.1. 查看环境 conda info --envs
5.2. 建立环境 conda create -n XX python=3 XX XX 创建XX环境的同时下载XX XX软件 此时下载软件为什么不用list search install
5.3. 激活新环境 conda create XX
5.4. 卸载
5.4.1. 卸载某软件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
5.4.2. 卸载整个环境 先conda deactivate 再conda remove -n rna-seq --all