生信星球培训第十六期

学习小组Day3——linx瑜

2019-05-22  本文已影响0人  Linx鱼

软件的搜索、安装及卸载

  1. bzip2(为什么需要这个压缩命令?难道下载的软甲都是压缩包 需要bzip2解压缩??)
    yum install -y bzip2 (-y应该放在软件前还是后还是都可以?后面有install fastqc -y)
  2. 需要应用商店--miniconda(鼠标左键复制 右键黏贴)
    2.1. 下载miniconda wget 下载链接
    2.2. 运行miniconda bash
    2.3. 激活conda source ~/ .bashrc
  3. 添加镜像
    (conda config --remove-key channels )
    conda config --add channels r
    conda config --add channels conda-forge
    conda config --add channels bioconda
    conda config --set show_channel_urls yes
  4. conda的使用
    4.1 查看软件列表 conda list
    4.2 搜索软件 conda search XX
    4.3 安装软件 conda install XX -y XX=n.nn指定版本号为n.nn
    4.4 卸载
  5. conda环境
    5.1. 查看环境 conda info --envs
    5.2. 建立环境 conda create -n XX python=3 XX XX 创建XX环境的同时下载XX XX软件 此时下载软件为什么不用list search install
    5.3. 激活新环境 conda create XX
    5.4. 卸载
    5.4.1. 卸载某软件 conda remove -n rna-seq fastqc -y
    5.4.2. 卸载整个环境 先conda deactivateconda remove -n rna-seq --all
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