生信星球培训第二十期

Day5---Dr.Leng

2019-07-20  本文已影响0人  Dr_lengxxx

小本本记下来
别的都明白,第五条是啥?
(1)R的赋值符号不是等号,而是<-
(2)在Console 控制台输入命令,相当于Linux的命令行
(3)R的代码都是带括号的,括号必须是英文的。
(4)显示工作路径 getwd()   设置工作路径 setwd("D:/SOFTWARE/Rdata")
(5)向量是由元素组成的,元素可以是数字或者字符串。
(6)表格在R语言中改名叫数据框_
(7)别只复制代码,要理解其中的命令、函数的意思。函数或者命令不会用时,除了百度/谷歌搜索以外,用这个命令查看帮助:?read.table,调出对应的帮助文档,翻到example部分研究一下。
(8)数据类型(重点只有两个,剩下的不看)

标点符号的应用

"<-"小于号加减号表示 "赋值"重复赋值取最后
"1,"2表示"1和2"
"()"表示"区间"
"1:10"表示"从1到10之间全部整数"
"-seq(1,10,by = 0.5) "表示1-10之间每隔0.5取一个数
"-rep(1:3,times=2)" 表示"1-3 重复2次"#向量

向量和元素

元素的意思,元素指的是数字或者字符串(用chr表示)等,根据它可以区分两个词:
标量:一个元素组成的变量:一个数字,一串字符,一串字符需要加引号
向量:多个元素组成的变量

向量中提取元素

即为筛选

根据位置

x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法,除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了……
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素

根据大小

x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c(1,2,5)中的元素

数据框

默认读取工作文件夹 Rdata

读取本地数据

read.table(file = "text.txt",sep = "\t",header =T) 读取文件"test.txt"并且以表格的形式,分隔符为Tab,有表头
a<-read.table(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T)#把这个数据框赋给一个变量a

设置行名列名

X<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号,1.2.3.4...
colnames(X)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据,左上角第一格为空,R会自动补为x,用这个命令来修改
X<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "\t",header =T,row.names=1)#最后row.names的意思是修改第一列为行名

数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)#分隔符改为逗号,字符串不加双引号(默认格式带由双引号)

变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData")#保存当前所有变量
save(frame1,file="frame1.RData")#保存其中一个变量
load("frame1.RData")#再次使用RData时的加载命令

提取元素

X[x,y]#第x行第y列
X[x,]#第x行
X[,y]#第y列(横着写,这是不够懒也不够优秀却能存在的写法)
X[y] #第y列(竖着写,这是懒惰又优秀的写法)
X[a:b]#第a列到第b列
X[c(a,b)]#第a列和第b列
X$列名#也可以提取列

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