软件管理conda

软件下载器，作用相当于App store，90%以上的软件都能搜到，一键安装。日常生信使用小而精的Miniconda即可，Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代，默认只包含了 python 和 conda，但是可以通过 pip 和 conda 来安装所需要的包

下载到服务器

• 谷歌搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）
  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/会看到linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
  1. 查看自己服务器是多少位uname -a
  2. 在上述页面选择对应位数的最新版本
  3. 复制下载链接
• 用wget下载

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh

sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本，如果安装失败了，这个脚本是不需要重新下载的，还是可以用的。

conda安装

• 安装程序文件下载完成后进行安装

bash Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh

• 激活

source ~/.bashrc

• 在命令行输入conda出现帮助信息代表安装成功
• 添加镜像

镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度

conda的使用

• conda list查看当前服务器上安装的所有软件列表
• conda install [pkg] -y安装软件

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号:conda install [pkgs = version] -y

• [pkg] --help确认软件是否安装成功
  因为只有安装成功的软件才能看到帮助文档，所以出现了这篇帮助文档，就可以确定已经安装成功
• conda remove [pkg] -y 卸载软件

conda环境

生信实战中，需要分析多个不同的项目。并且每一个项目都需要不同的软件版本，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
办法就是分身！！按照不同的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”

• conda info --env查看当前conda环境
  前面带*的就是默认的
• 创建环境
  比如要处理转录组数据了, 先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的)
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• 激活需要的环境
  conda activate rna-seq
  这时默认的*就会转移到rna-seq前面；另外在用户名前面出现了(rna-seq)
• 退出当前环境
  conda deactivate