批量下载JGI（phytozome植物基因组数据库）数据

写在前面

今天课题组师妹与我提到，其要下载Phytozome上的所有数据。这个事情，我在早在几年前干过。不过前年有整了一次。整体简单，以下附上之前的记录。

2017年的记录

稍微整理了流程，方便批量下载JGI基因组数据。因为一个一个点，一个一个下载，太浪费时间且不稳定。调试了下，直接开80个下载任务，批量下载JGI目前已有的所有植物基因组序列（20170405），共72个。

首先，在JGI上注册一个账号，

http://genome.jgi.doe.gov/

得到账号密码，如

账号：yourAccount
密码：youPassword

在linux上，使用curl登录并保存cookies（不知道cookies的，可以理解为登陆信息）

# 2017年的链接方式已经失效
# curl https://signon.jgi.doe.gov/signon/create --data-ascii login=yourAccount\&password=youPassword -b cookies -c cookies > /dev/null
# 目前有效的链接方式是
curl 'https://signon-old.jgi.doe.gov/signon/create' --data-urlencode 'login=yourAccount' --data-urlencode 'password=youPassword ' -c cookies > /dev/null

下载当前所有植物的数据信息列表

# 已失效，全面转成ssl
# curl http://genome.jgi.doe.gov/ext-api/downloads/get-directory?organism=PhytozomeV12 -b cookies -c cookies > all.xml
curl 'https://genome.jgi.doe.gov/portal/ext-api/downloads/get-directory?organism=PhytozomeV12' -b cookies > all.xml

整理表格，只保留所有基因组序列链接（事实上，这里可以抓取自己想要的各个文件的links，比如所有CDS，比如所有蛋白....）

perl -lne 'if(/^<folder\s+name="(\S+)"/){if($1 eq "assembly"){$flag=1}else{$flag=0}};if($flag and /^<file.*url=(\S+?)"/){print $1}' all.xml|grep -v 'softmasked'|grep -v 'hardmasked' > genome.links

接下来，开始批量下载（这里我使用的是parallel进行并行下载，事实上，一方面是考虑线程数不要80这么高，另一方面...或许你还是单线程下载就是了）

# 这个位置也调整了....
# cat genome.links |parallel -j 80 'curl http://genome.jgi.doe.gov{} -b cookies -c cookies 1> {=s/.*\/(\S+?)$/$1/=} 2> {=s/.*\/(\S+?)$/$1/=}.log'
cat genome.links |parallel -j 80 'curl  https://genome.jgi.doe.gov/portal{} -b cookies -c cookies 1> {=s/.*\/(\S+?)$/$1/=} 2> {=s/.*\/(\S+?)$/$1/=}.log'

写在最后

以上流程，事实上，基本是来自JGI的help。我针对自己的需求做了一定的修改，希望，对有需要的朋友提供一定的参考。当然，或许这个时候，你需要基于植物的双名法，获得所有物种对应的进化关系。那么，你应该考虑使用TBtools的
https://www.jianshu.com/p/a52a9d262e72