miniconda安装及使用

下载地址

miniconda镜像地址：https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/

安装，不用版本自带py版本不同，集群需要在登录节点操作，有网

wget --no-check-certificate  https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh
chmod 777 Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh         #刚下载好的安装包没有可执行权限，所以需要先给权限
sh Miniconda3-py38_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh                       #登录节点有网 运行.sh 

yes #选择yes
[/home/pengzw/miniconda3] >>> /share/nas1/pengzw/software/miniconda3 #指定安装路径，否则默认到家目录
PREFIX=/share/nas1/pengzw/software/miniconda3

Miniconda3的默认安装路径是“/home/<username>/miniconda3”。这里的<username>表示用户名，不同的Linux用户名，安装路径稍有不同,我本想安装到我目录software目录下，结果没注意到这点，还是安到了我的用户名下。可以在bash的路径下选择miniconda3，就会安装在software/miniconda3目录下

初始化conda

    在安装尾声，程序会询问是否通过conda来初始化miniconda3”，实际上就是将Anaconda的环境变量导入到PATH中，输入“yes”。这样一来，以后就可以直接在终端使用诸如ipython、spyder等命令了（这些好用的命令，均来自conda环境）。

    最后，当屏幕输出“Thank you for installing Miniconda3!”字样时，就表明Miniconda3安装完毕了。

注：此时还不能调用conda命令，如输入conda --version时提示没有找到。是因为安装好conda之后需要重新激活一下source .bashrc，有点类似重启的意思。之后输入conda --version 就可以查看conda的版本了，输con然后按Tab键也能自动补全了：

添加镜像，命令行执行

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

不让登录shell就进入base环境，直接命令行输入或者编辑~/.condarc

conda config --set auto_activate_base false #设置false

cat .condarc
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
show_channel_urls: true
auto_activate_base: false

1.1初始化环境，加入环境变量

conda init #
conda info #查看环境
conda info -e #查看已创建的所有[虚拟环境]

1.1 进入base 环境，最好不要在base环境安装软件

conda activate
conda deactivate

1.2 安装软件，需要退出base环境（建议每个软件创建一个env）

conda create -n quast python=3.7 #创建一个名为py37的环境，指定Python版本是3.7（不用管是3.7.x，conda会为我们自动寻找3.7.x中的最新版本）
conda activate quast #需要网络

1.3 安装具体软件：环境中安装模块的时候必须先激活该环境，然后在该环境中进行安装

conda activate quast 
conda install quast 
conda deactivate

查看特定包

conda search fastqc #默认应该是装最新的版本
#### 安装特定版本的软件包（查看软件版本可以使用conda search fastqc）
conda install fastqc=0.11.6  #直接默认到base环境，不建议

使用的时候环境变量加上conda路径。不用就注释掉，初始化要重新登录一个窗口，source不能及时生效，进入env

conda create -n wgdi #登录节点有网 ，会在/share/nas1/pengzw/software/miniconda3/envs/wgdi/创建一个文件夹
conda create -c bioconda -n wgdi wgdi  python=3.8.5
conda create -c bioconda -n tidk tidk

删除软件，删除环境

1.首先，在家目录~或者安装软木有一个miniconda3的文件夹，使用rm命令将它删除：
2.然后，用vim命令进入.bashrc文件，将conda的语句用#注释掉：
3.最后，重新激活一下source .bashrc就可以了。

删除环境

conda remove env_name --all