泛基因组工具: Roary, panX, PEPPAN, PGA

2021-05-12 本文已影响0人胡童远

引用文章
标题：Insights on the Evolutionary Genomics of the Blautia Genus: Potential New Species and Genetic Content Among Lineages
中文：Blautia菌基因组进化分析
杂志：Front. Microbiol.
时间：2021.4

该文章分析之一：使用三种泛基因组方法同时处理一批菌株基因组

稀释曲线分析

KEGG module注释

泛基因组分析
1 输入文件由prokka生成
2 Roary PEPPAN使用gff文件，panX使用genebank文件

3 PEPPAN.gene_content.curve生成稀释曲线输入数据，pandas matplotlib绘制曲线
4 panX geneCluster.json和pandas生成基因presence absence矩阵
5 R micropan估计泛基因组openness/closedness

三种方法的结果

1 Roary

文章：Roary: rapid large-scale prokaryote pan genome analysis. bioinformatics 2015
引用：1780
GITHUB: http://sanger-pathogens.github.io/Roary/
Tutorial：https://github.com/microgenomics/tutorials/blob/master/pangenome.md

2 panX

文章：panX: microbial pan-genome analysis and exploration. Nucleic acids research, 2018
引用：131
GITHUB: https://github.com/neherlab/pan-genome-analysis
conda git安装：

# Installing dependencies
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
export PATH=~/miniconda2/bin:$PATH
conda env create -f panX-environment.yml
source activate panX

# quick start
git clone https://github.com/neherlab/pan-genome-analysis.git
cd pan-genome-analysis

3. PEPPEN

文章：Accurate reconstruction of bacterial pan- and core genomes with PEPPAN. Genome Res. 2020
引用：5
GITHUB: https://github.com/zheminzhou/PEPPAN

4 PGAweb

地址：http://pgaweb.vlcc.cn/
PGAP本地：https://sourceforge.net/projects/pgap/

PGAP: pan-genomes analysis pipeline.Bioinformatics,2012
被引：328
PanGP: a tool for quickly analyzing bacterial pan-genome profile.Bioinformatics,2014
被引：95
PGAP-X: Extension on pan-genome analysis pipeline.BMC Genomics,2018
被引：18
PGAweb: A Web Server for Bacterial Pan-Genome Analysis.Front Microbiol,2018
被引：15

PGAweb在线使用 - 测试数据

1 使用example gbk数据：输入文件格式