Motif scanning tool: FIMO

预测motif的计算原理（extend motif） - 简书 (jianshu.com)

Motif scanning tool: FIMO（在线版分析笔记） - 简书 (jianshu.com)
FIMO Tutorial - MEME Suite (meme-suite.org)
MAST 用于搜索“短”序列，如蛋白质，而 FIMO 更适合于任何长度的序列。此外，MAST 为每个扫描序列报告一个单一的分数，该分数将最佳匹配结合到其输入中的每个图案中。因此，当您需要根据每个序列匹配所有(或多个)主题的程度对序列进行排序时，MAST 是最有用的。FIMO 不以任何方式组合匹配分数，并且分别报告所有匹配，所以当您想要准确地知道您的图案描述的信号在每个输入序列中的位置时，它是非常有用的。

FIMO - MEME Suite (meme-suite.org)

使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif_生信修炼手册的博客-CSDN博客
fimo： 扫描motif时需留心的小坑 - 简书 (jianshu.com)

meme官网上也提供了所有软件的在线使用，只需提供两个输入文件即可，
244-寻找motif，R版本的MEME来了，不试试？ | BIOINFOPLANET (jieandze1314.com)
Bioconductor - universalmotif

Motif Discovery：预测序列上的motif信息，可以是DNA，RNA，氨基酸序列，方法是从头预测（de novo discovery）。比如我们ChIPseq数据拿到了一些peaks的区间，那么就能拿到序列，然后就能拿到序列中的motif
MEME: Multiple EM for Motif Elicitation, 利用de novo预测得到motif结构和在输入序列上的位置
DREME: Discriminative Regular Expression Motif Elicitation, 主要针对长度在100bp左右的序列
STREME: Sensitive, Thorough, Rapid, Enriched Motif Elicitation，它是DREME的替代版，特点是基于的序列数量多（多于50个）
MEME-ChIP
GLAM2
MoMo
Motif Enrichment：分析已知的motif在我们的序列上有没有，有多少？
CentriMo
AME
AME
SpaMo
Motif Scanning：分析我们序列上可能出现motif的位置是？
FIMO
MAST
MCAST
Motif Comparison：不同motif之间的相似性有多少？
Tomtom
Gene Regulation：预测基因和调控元件（用染色体区域表示）之间的调控关系