课前准备-分析来自癌症空间转录组的未映射RNA-seq数据以破译
2024-06-12 本文已影响0人
单细胞空间交响乐
作者，Evil Genius
最近的研究越来越强调微生物组在癌症发生和发展中的重要性。因此，探索微生物组在肿瘤微环境中的调节作用，了解其组成和功能变得十分重要。空间转录组学的引入为微生物组研究提供了新的见解，因为它使微生物组如何影响肿瘤微环境成为可能。
知识搜集
- 微生物组在癌症发生和发展中的作用的研究变得越来越重要。最近的研究表明，居住在身体不同部位的特定微生物，如口腔、肺和结肠，在癌症的发生和发展中起着关键作用。此外，肿瘤内的细菌可以抑制免疫功能，促进炎症反应，并与化疗药物相互作用，从而降低其疗效。
- 使用空间转录组unmapped read方法和PathSeq方法来分析空间微生物组。
样本来源 visium数据（结直肠癌(CRC)和口腔鳞状细胞癌(OSCC)）
- 运行PathSeq时，可以识别组织外微生物组的存在。
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在比较OSCC和CRC样本中由PathSeq和未映射的read方法得出的微生物组分布时，未映射的read方法得出了更高的微生物组RNA评分，因为它计算的是RNA转录物，而不是基因计数，这为其他统计方法提供了空间
非映射reads微生物组分析
运行Space Ranger对所有癌症类型进行了自定义reference，包括人类宿主基因组和来自四种不同物种的16S rRNA序列:大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和肺炎衣原体。这些微生物种类自然存在于人体的各个部位。
方法：PathSeq and Unmapped Read Analysis
使用人类基因组参考数据库GRCh38，对四个样本进行Space Ranger计数分析，每个样本的BAM文件被spot分开用于PathSeq pipeline。通过该pipeline，将来自每个BAM文件的非human reads数据与基于GATK细菌参考文献进行比较，逐点获得每个细菌物种的RNA读取值。对于未映射的读取方法，提取针对GRCh38人类参考的未映射RNA读取。
Extended Unmapped Read Analysis
将大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌和肺炎衣原体的物种特异性16S rRNA序列添加到GRCh38参考数据库中，创建定制参考数据库。这四种微生物群自然存在于人体的各个部位。因此，本研究将这些具有代表性的微生物纳入分析，以便更准确地了解体内微生物组的遗传特征和空间分布。
