R语言日常笔记（4）修改基因最大表达值

问题描述：差异基因分析中有一些基因会有异常表达，例如说，A基因在大部分样本表达量介于1-10之间，然后A基因在甲样本表达量高达10000以上，这就是明显的异常表达值。

对于这一列处理方法：
（1）删除异常样本
（2）或者修改其异常表达值

下面的代码用于完成第二个方法

rm(list=ls()) 

setwd('D:\\work\\F1\\mut')

load('mRNA_exprSet.Rdata')


library(dplyr)
library(tidyr)

library(tcltk)



u <- 1:2000
plot.new()
pb <- tkProgressBar("进度","已完成 %",  0, 100)


for (i in 1:nrow(mRNA_exprSet) ) { 
  mRNA_exprSet[i,which.max(mRNA_exprSet[i,])] <- NA
  info <- sprintf("已完成 %d%%", round(i*100/nrow(mRNA_exprSet)))  
  #进度条就是根据循环里面的i来看看循环到哪一步了
  setTkProgressBar(pb,
  i*100/nrow(mRNA_exprSet),
  sprintf("进度 (%s)", info), info)
}



u <- 1:2000
plot.new()
pb <- tkProgressBar("进度","已完成 %",  0, 100)


for (i in 1:nrow(mRNA_exprSet) ) { 
  mRNA_exprSet[i,which.max(mRNA_exprSet[i,])] <- NA
  info <- sprintf("已完成 %d%%", round(i*100/nrow(mRNA_exprSet)))  
  #进度条就是根据循环里面的i来看看循环到哪一步了
  setTkProgressBar(pb,
                   i*100/nrow(mRNA_exprSet),
                   sprintf("进度 (%s)", info), info)
}




u <- 1:2000
plot.new()
pb <- tkProgressBar("进度","已完成 %",  0, 100)


for (i in 1:nrow(mRNA_exprSet) ) { 
  mRNA_exprSet[i,which.max(mRNA_exprSet[i,])] <- NA
  info <- sprintf("已完成 %d%%", round(i*100/nrow(mRNA_exprSet)))  
  #进度条就是根据循环里面的i来看看循环到哪一步了
  setTkProgressBar(pb,
                   i*100/nrow(mRNA_exprSet),
                   sprintf("进度 (%s)", info), info)
}




library(tcltk)
u <- 1:2000
plot.new()
pb <- tkProgressBar("进度","已完成 %",  0, 100)

for(i in 1:nrow(mRNA_exprSet) ){
  mRNA_exprSet[ i, 
                is.na(mRNA_exprSet[i,])] <- rowMeans(mRNA_exprSet,
                                                     na.rm = T)[i]
  info <- sprintf("已完成 %d%%", round(i*100/nrow(mRNA_exprSet)))  
  #进度条就是根据循环里面的i来看看循环到哪一步了
  setTkProgressBar(pb,
                   i*100/nrow(mRNA_exprSet),
                   sprintf("进度 (%s)", info), info)
}